从刑法的角度保护提升对建设工程公平交易的保护。建设工程结算纠纷诸多诱因源于违反市场经济规律的不公平交易。因此，采取强有力的措施是解决建设工程结算纠纷的关键。
我国现行刑法侧重于公有财产与公民个人财产权的保护，但是对市场交易行为本身却缺乏关注。在西方成熟的市场经济国家中，对公平交易的保护是各国刑法立法的一个重点。而我国的刑法条文却少有涉及。虚假注资罪、抽逃资本罪则一般都是强制执行过程中发现，最后由法院裁定由股东在虚假注资或抽逃资本范围内对债权人承担责任，而上升到刑事处罚措施的几乎没有。
保护市场的公平交易、维护市场安全与稳定已经日渐紧迫。我们认为应对刑法进行完善和修订，增加保护市场公平交易刑事条款，对违反公平交易构成犯罪的（例如商业贿赂、招投标舞弊等），应处以刑事制裁。
构建信用体系及信用公示制度。构建信用体系及信用公示制度在建设工程具有非常重大的意义。建设工程结算实践中的很多结算纠纷是发包方缺乏诚信，故意采取拖延付款或者故意制造事端意图少付或占用建设工程款。建设单位一般具备一定经济实力，之所以这样是因为现行政策对非诚信行为制裁不力。即使不成功的拖欠带来的败诉诉讼对他们来说经济代价是很低的。败诉后，他们支付的只是早已应付的工程款，承担部分违约金也是很小的。
现行的违约金处罚偏低（每天0.021%，相当于年利率7.66%），因此占用工程款所支付的违约金比起银行融资的代价要小得多（银行贷款除必须支付年利率5.31%外，还要申请贷款指标、提供贷款担保及担保物的评估等，其成本远远超过7.66%），况且在工程结算诉讼中调解成功率高，调解的成交条件一般就是承包方放弃违约金。这样发包方基本没有什么损失。
因此，发包方不管有无真正结算纠纷，都乐意占用应该支付的工程款。因此只有构建社会信用机制才能解决上述问题。如果发包方无正当理由拖延支付工程款，除承担诉讼败诉后果外，征信机构应该记入该发包方的信用记录，降低其信用等级；此外，政府有关部门在审批固定资产投资计划时，应严格审查申请人以往信用记录。有不良记录者在解决旧的结算纠纷前不得审批新的投资计划。修订和完善建设工程相关的法律政策与行政措施。
颁布一套完善的建设工程保证金制度。政府有关部门在进行固定资产投资计划审批时，必须要求发包方提供总投资一定比例的保证金。这一保证金可以是现金保证或银行保函。同时规定这一保证金的返还必须等待工程竣工验收合格，项目债权债务结清后才能返还。
目前建设工程结算中有类似的保证金，但在处理建设工程结算纠纷时，这类保证金没有起到应有的作用。因此，今后应使项目保证金更加透明，更能发挥保证项目健康发展的作用，该保证金应可以直接用于支付工程款或其他项目债务。
改进目前的项目公司制度。项目公司制度是为加强项目专门管理而设计的，但在实践中已经背离了立法者的初衷。项目公司对管理项目起到的积极作用比起其被不法投资者当作逃废债务的盾牌所产生的负面效应来讲要小得多。我们认为应该改进现在的项目公司制度。
在建设项目中，应该以开发商的名义直接作为发包方，由所有的开发商直接对包括承包方在内的所有债权人负责。当项目公司注册资金等于全部项目投资总额时，可以作为有限责任的独立法人；当项目公司注册资金小于项目投资时，不能享有有限责任权利，确定其承担无限连带责任的法人。因为第二类项目公司管理作用大于经营作用，并非普通公司法意义上的经营法人。
既然项目公司只能管理全体股东在相关建设项目中的投资，那么，项目公司的注册资金并非项目投资的责任能力，而是管理的责任能力，建设项目实际上是个参与投资者的资本运作行为，那么项目的责任范围应该是全体投资者的投资总额。如果项目公司以有限的注册资金进行远远超过注册资金的项目运作，然后又罩上有限责任法人的面纱，这对包括承包人在内的债权人来说是一种商业欺骗。因此，完善目前的公司法，要求此类项目公司承担无限连带责任就十分必要。
完善建设工程款优先受偿权制度。现行的《合同法》虽然规定了建设工程合同的承包人就工程的优先受偿权，但在实践中，将优先权的范围限制于人员报酬、材料款等直接费用的狭小范围，将优先权行使期限限制设定为竣工或约定竣工后的6个月。
这样对承包方不利，因为，首先将工程款限制为直接费用，已经将工程款割裂开来，不包利润与损失使得承包人优先范围意义有限；其次，优先期为竣工后6个月更削弱了优先权的作用。因为所谓优先权是相对的其他请求权人。建设工程竣工后6个月内很多其他债务人的诉求还没有提出，承包人还无法行使优先权，而承包人自己名下的工程款有的尚未到支付期。
因此，我们建议将优先范围界定为成本加适当利润，优先权期限与诉讼时效相同，即为两年，自工程竣工之日起算。
构建建设工程中期预警体制。建设工程结算纠纷的金额巨大，一旦纠纷激化将难以解决。我们认为应该构建法定的建设工程中期预警体制。在这个预警体制中，建设单位要起到关键作用。当建设项目完成投资总额的50%时，建设单位应该聘请中介机构，如造价工程师、律师、注册会计师等组成中期预审小组，对建设工程合同的履行情况进行审查，主要包括以下内容：
一是施工主体审查。审查施工主体是否有挂靠行为、非法转包、分包行为。
四是债权债务履行审查。审查是否按照合同支付工程款或其他费用。
五是会计审查。审查有关工程票据是否完全，税赋是否足额缴纳。
六是合法性审查。审查建设工程履行过程中，是否存在违法违规情形等。
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