1、审计合同履行情况。审计与建设项目有关的单位是否认真履行合同条款，有无违法分包、转包工程。如有变更、增补、转让或终止情况，应检查其真实性、合法性。
2、审计内控制度建立、执行情况。审计建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度。如工程签证、验收制度；设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度；费用支出报销制度等。应督促、指导建立完善的管理制度，保证项目建设规范运行、建设资金合法使用。
3、审计工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实；工程预算款及结算是否按合同办理；
4、审计工程成本核算及账务处理是否符合《国有建设单位会计制度》的要求，是否有利于建设项目的管理及竣工决算的需要；建设资金到位情况是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无大量资金闲置、或因资金不到位而造成停工待料等损失浪费现象。
5、检查建设资金是否专款专用；是否按照工程进度付款；有无挤占、挪用建设项目资金等问题；对往来资金数额较大且长时间不结转的预付工程款、预付备料款要查明原因，防止出现超付工程款现象；审计建设单位管理费的计取范围和标准是否符合有关规定，费用支出是否符合"必须、节约"的原则，有无超出概算控制金额的情况。
6、加强设备、材料价格控制，尤其要对建设单位关联企业所供设备、材料的价格进行检查，防止从中加价。对已购设备、材料因故不能使用的，要分析原因，分清责任，并督促建设单位及时处理，避免造成更大的损失。属政府采购的设备、材料是否按相应规定办理。
