（一）查明事实阶段即查清违章建筑形成的时间、原因、结构、面积、用途，是否存在民事纠纷，是否存在同时违反两个以上的行政法律规范的情形，是否已经行政执法机关查处等。对已经查处的按查处的结论办理，对未经查处的，进入下阶段。
（二）处理和处罚阶段第一步按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违章建筑的时间界限。第二步，按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。若不存在这一情形，则一般是只违反建设规划的，则交由建设规划行政主管部门处理；若存在这一情形的，则由一个行政主管部门牵头处理。第三步，作出处理或处罚决定。然后根据处理或处罚决定分别处置，对补办手续的，进入补办手续阶段；对处以没收或限期拆除的，进入执行阶段。
（三）补办手续阶段对依法应当直接补办手续或经过处罚后要求补办手续的，由违章建筑的当事人到相关行政部门补办手续。
（四）签定安置补偿协议阶段在此阶段，由拆迁双方自行确定安置补偿方案。对协商不成的，经一方当事人申请可进入行政裁决阶段；对达成协议后，被拆迁人拒不履行的，经拆迁人申请，可进入强制拆迁阶段，由人民法院依法强制执行。
（五）行政裁决阶段对拆迁当事人经协商未能达协议，经一方当事人的申请行政裁决的，行政机关应予受理。行政机关在受理后，应及时将申请人的申请书及证据发送给对方当事人，并告知其权利与义务。行政机关在查明事实的基础上，在法定期限内就安置补偿作出行政裁决决定，并明确当事人搬迁的期限。
（六）强制执行阶段对于被拆迁人（即违章建筑的当事人）不履行安置补偿协议或安置补偿裁决的，经申请，可由人民法院依民事司法强制执行程序或行政司法强制执行程序强制执行，亦可由人民政府责成相关行政部门组织行政强制拆迁，强制被拆迁人搬迁，并拆除其建筑物等。《城乡规划法》第四十三条建设单位应当按照规划条件进行建设；确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。变更内容不符合控制性详细规划的，城乡规划主管部门不得批准。城市、县人民政府城乡规划主管部门应当及时将依法变更后的规划条件通报同级土地主管部门并公示。 建设单位应当及时将依法变更后的规划条件报有关人民政府土地主管部门备案。
