质保金作为工程款的一部分，逾期未支付时通常应适用于工程合同中关于发包人逾期支付工程款的违约责任。在当前工程施工行业处于买方市场的情况下，单独约定高于逾期支付工程款的违约责任，对承包人来讲并不太现实。比较符合实际的作法是，国家相关部门在制订新的工程合同示范文本时，设定逾期返还工程质保金违约责任的规范条款，以逐渐推广适用。
最新施行的《建设工程质量保证金管理办法》第七条规定：发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。
工程质保金预留比例不高于结算总额的5%，也是出自《清理保证金通知》中的要求。《老办法》并未强制性要求工程质保金的预留比例，只是规定使用政府投资的建设项目按工程价款结算总额5%左右的比例预留保证金，社会投资项目可参照执行。实践中虽然大部分工程项目的质保金的预留比例未超过5%，工程质保金3%最新规定但对于一些新型或风险较大的项目，发包人还是会预留较大比例的工程质保金，作为其项目的风险控制措施。
在当前竞争激烈的建筑施工行业，很多工程承包项目中承包人的净利润都达不到5%，预留过高的工程质保金无疑会让承包人承受过大的资金压力。并且，工程质保金本质上并不是保修费用，只是一种担保措施。为此，《办法》在限制工程质保金预留比例的同时，推行银行保函制度，规定承包人可以银行保函替代预留保证金，并规定保函金额不得高于工程价款结算总额的5%。此举将大大减少施工企业的资金占用和现金流压力，显著减轻施工企业负担。
