实践中，有许多承包方为了减少自己的风险，往往会约定在工程完成一半的时候就要求对方支付大部分价款，因为双方大多采用分期付款的情况下，如果不多加注意，很容易忽视百分比背后隐藏的风险承担不对等的情况，让自己处于不利地位。双方约定支付价款方式的时候不仅要约定支付具体价款，还应约定支付的方式。合同中经常会表述为“在完成多少工程量之后支付价款”，这种表述的不确定性会给支付价款的一方拖欠工程价款的理由，解决办法是双方协商具体的约定在完成多少工程量，交付相应某些具体的资料或者收到书面通知之日起，以何种方式支付到指定的账户。需注意的是对合同中已约定按照固定价或包干价结算工程款的，一方又请求对工程造价进行鉴定的，法院一般不支持该主张。
承包方最担心的事情莫过于建好合格工程但没能受到工程价款，为了减少赖账对承包方合法利益的损害，法律规定承包方有相对于其他债权人甚至是担保权人所具有的优先受偿权，即建设工程被拍卖、变卖后所获的工程价款应该先支付给承包方。但承包方还可以通过设定担保、约定违约金的方式减少权利的损害。
由于欠缺法律知识，没有收到相关资料等原因，权利方若不积极的行使权利，其意思表示则会按照法律推定，这可能同权利方的真实意思相违背。依照《建筑工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》关于结算文件的规定，发包人在收到施工结算文件后的约定期限内不予答复，按照法律的推定则会被认为认可该文件，因此若对结算文件有意见则应积极主张。另外，法律还规定了权利人沉默则推定为否定意思的情况。在诉讼时效方面，付款方式的复杂使得不同的价款诉讼时效的起算点各异，如果错过了维护权利的最佳时机，欠款很可能要不回来，变为坏账。可见，在权利上沉默并不是明智之举，应积极主张自己的权利。
竣工验收关系到最终责任承担的问题，在实践中验收程序往往约定的比较粗糙，对于承包人来说所应交付的资料、交付的时间、工程办理的手续、材料工程的质量标准等问题都关系承包方是否能请求对方支付工程款，发包方能否在在工程质量不合格时要求对方承担损害赔偿。除此之外，完成竣工验收程序的时间点关系着结算款、质保金的支付起算点和诉讼时效问题，可见竣工验收程序约定明晰的重要性。
承包方和发包方常常会为了前期准备工作的简便性，直接将通用合同拿来作为双方的建设施工合同。通用合同实质上是格式条款，是为了反复使用的合同，合同上的条款并不是法律的强制一定要遵守的，双方可以根据工程的复杂性修改通用合同。若承包方逾期没完成工程，其需对发包方承担违约责任，因此不能盲目将通用合同拿来直接使用。
建设工程施工合同，是规范工程项目中各方权利义务的基础，合同约定事项的不明确性会使得权利义务的行使和履行变得模糊不清，约定建设施工合同虽繁琐，但在发生纠纷时，法律会先按照双方的约定解决纠纷，因此尤为重要。
