1.1合同主体不合格合格的主体，应当是具有相应的民事权利能力和民事行为能力的合同当事人。合同主体不合格主要包括两种情况，一种是虽然具有上述两种能力，但不是合同当事人，即当事人错位，当然是不合格的合同主体。另一种是虽然是合同当事人，但却不具有上述两种能力，同样是不合格的合同主体。合同的主体就是工程的发包方和承包方，合同主体不当之处主要表现在：工程发包方和承包方缺乏合同履约意识，既不认真研究制订合同条款，又不严格履行合同。在合同履约过程中因为缺少制约手段，违约情况严重，致使合同双方当事人的合法权益得不到应有的保护，工程进度、工程质量也难以得到有效的保证。
1.2合同条款不平等工程承包本来应以合同为约束依据，而合同的重要原则之一就是平等性。但在工程承包实践中，业主与承包商很少有平等可言。鉴于当前的工程承包买方市场的特点，个别业主常常倚仗着僧多粥少这一有利的优势，对承包商蛮不讲理，特别是政府投资工程项目的业主部门。在签订承包合同时，业主常常强加种种不平等条款，赋予业主种种不应有的权力，而对承包商则只强调应履行的义务，不提其应享有的权利。比如索赔条款本应是合同的主要内容，但在许多合同中却闭口不提；又如误期罚款条款，几乎所有合同中都有详细规定，而且罚则极严。承包商如果在拟定合同条款时不坚持合理要求，则会给自己留下隐患。
合同文字不严谨不严谨就是不准确，容易产生歧义和误解，进而导致合同难以履行或引发争议。依法订立的有效合同，应当反映合同双方的真实意思。而这种反映只有靠准确、明晰的文字来体现。可以说，合同讲究咬文嚼字。但有些合同由于一些人为的或客观的原因，对一些合同条款拿捏不准或措辞含混不清。还有些合同对承包商的义务规定得非常具体，而对其应享有的权利则笼统地一笔带过，甚至对有些关键事项含糊其词。比如有些工程承包合同中在有关追加款额的条款中写道：“发生重大设计变更可增加款额”这类字句。那么，何为重大设计变更则并无细则说明。一旦出现类似情况，业主或监理工程师往往便会视情随意曲解。
合同管理不到位部分合同管理人员业务素质不高，防范工程承包合同风险意识不强，致使在合同履约过程中遭受到一些本可避免的损失。有的把应当发出的诸如双方有关工程洽商、变更的书面协议或文件没有及时发出，给以后索赔造成困难。有的对合同签证确认不重视，对应签证确认的没有办理签证确认，当发生纠纷时，因无法举证而败诉。有的对拖欠工程款的情况应当追究的没有及时追究，当诉诸法律时才发现已超过了诉讼时效，致使损失无法挽回。有的对发包方不按合同约定支付工程进度款，一味地怕单方面停工承担违约责任而不敢行使抗辩权，结果客观上造成了垫资施工，使发包方的欠款数额越来越大，问题更加难以解决。
2.1建立健全合同管理的组织网络组织网络，是指企业要由上而下地建立和健全合同的管理机构，配备合同管理人员，使建设工程合同管理专业化、正规化，使建筑企业合同管理覆盖企业的每个层次，延伸到各个角落。建筑企业内部合同管理机构的主要职责是制订本企业的合同管理制度，检查监督本企业各类建设工程合同的订立、履行；宣传贯彻有关合同法律、法规，培训合同管理人员；审查合同，防止利用合同进行违法活动；参与解决合同纠纷；总结推广合同管理经验等等。合同管理人员的组成应以法律顾问为核心，由企业的管理人员和购销人员组成。在企业负责人领导下开展工作，并接受负责管理合同的国家有关行政主管部门的指导监督。
2.2建立健全合同管理的制度网络制度网络，一是指企业就合同管理过程中的每个环节，建立和健全具体的、可操作的规章制度，使合同管理有章可循。二是指建筑企业各层次都应有自己的合同管理制度。合同管理制度是合同管理活动及其运行过程的行为规范。合同管理制度是否健全是合同管理能否成功的关键所在。制订合同管理制度，是搞好建筑企业合同管理的保证。这些合同管理制度主要包括：合同归口管理制度；合同审查制度；委托代理制度；合同考核制度；合同用章管理制度；合同台帐、统计及归档制度。同时，还要将这些合同管理制度与建设工程合同投标报价和工程项目管理的全过程有机结合起来，贯穿于整个工程项目建设的始终。
2.3提高合同管理人员的业务素质提高合同管理人员素质：一是选好合同管理人员。建设工程合同管理需要具备现代化管理知识，精通合同法律法规，熟悉工程实施全过程，有丰富经验的高级管理人才。二是抓好合同管理人员在职学习。随着建设市场的发展和法律、行政法规的不断完善，对取得从业资格的合同管理人员进行继续教育，不断提高其业务水平，显得尤为重要。三是选派有发展前途的业务骨干到有关院校学习深造，委托培养这方面的高级专业技术人员。四是对合同管理人员实行岗位责任制。建设工程合同管理是高精确度、技术性很强、极为复杂的工作。合同管理人员，只有经过严格的培训和考核，成绩合格取得从业资格后方能上岗。
2.5大力推行合同示范文本制度推行合同示范文本制度，一方面有助于当事人熟悉有关法律、法规，使建设工程合同的签订符合法律规范的要求，避免出现显失公平和违法条款；另一方面便于合同管理机关加强监督检查，提高合同的履约率，维护建设市场秩序。国家有关部门颁布的各类建设工程合同示范文本，对当事人各方的权利、义务和责任作了全面、准确的规定和约定，可操作性强，有利于防止当事人主观上的疏漏，有利于合同的正常履行，也能有效地防止合同纠纷的发生。因此，在订立合同时，最好能够使用合同示范文本，以提高合同文本的质量。对于一些自行草拟的合同文本，也应当在审查时注意对照示范文本，防止错漏或产生歧义。
