1领导档案管理意识及重视不够。广西于2003年对药检机构进行体制改革，撤销除自治区药检所外的其他原按地(市)、县行政区划设置的91个各级药检所，重新设置由自治区食品药品监督管理局直接管理的南宁、桂林、玉林、柳州、梧州、北海、百色、河池等8个相当于副处级的区域药检所至今，虽基本设置有档案库房，却只有桂林、玉林两个药检所实现了符合档案管理要求的大集中统一保管并通过了档案行政管理部门评审验收(其中。桂林药检所综合档案室于2004年取得了档案室合格证，玉林药检所综合档案室于2005年达标定级)。
2档案管理基础设施较差，保管条件落后。大部分药检所因建所时间短，检验及办公场地小、场所少，故未设档案室或档案专人、专库，档案放在办公室的柜子里，有的还是木柜；没有落实防火、防盗、防潮等“八防”安全措施，没有空调、除湿机等设备。有个别原在已获得“科学技术事业单位档案管理自治区级”的市级药检所基础上组建的区域药检所，在近年档案管理工作普查及现场复查时就因档案库房条件简陋、专用档案存放空间未保证等硬件问题而未能得以更名换证。
3档案管理格局不明晰。管理机构不健全，管理职能不明确。药检所档案管理一般由行政办公室负责。由于历史沿革等原因和药检所行业管理要求，档案室一般只管理文书档案，而药品检验(测)报告书档案、人事档案、会计档案、图书档案等分属各个业务科室管理，在一个单位内形成多部门管理档案格局。
5对药检机构档案内容界定不清，管理范围不明。随着科技的飞速进步，社会的发展，档案系统的内涵和外延也随之发生变化。药检档案的范围也已由以往的文书档案、药品检验(测)报告档案、人事档案等发展到今天的科研档案、电子文件、各种检验(测)设备及其使用时产生的图文、数据档案、实物档案、照片档案、声像档案、缩微胶片档案和数字化档案等等新型档案。由于未对纳入档案管理的内容赋予明确要求，各药检所根据自己的理解和实践“因地制宜”管理，使许多应该纳入管理的档案没有纳入管理。
6档案管理工作人员素质参差不齐。档案专业人员队伍在学历层次、理论水平、专业素质等方面参差不齐，与时代发展要求悬殊是目前我国档案专业人员队伍的普遍现象，很多档案部门是随便可以往里塞人的地方，是安排老弱病残的地方。在药检系统中还有表现为专职少、兼职多，专项管理经验不足，管理观念不强；在人才培养中，重视药检技术人员素质及动手能力的提高和继续教育，对档案管理人员的素质提高和继续教育没有纳入培训计划和要求，许多档案管理人员的管理水平停留在传统经验上，思想观念和管理水平跟不上时代发展，缺乏创新和活力。
7档案管理水平不高。现代化管理手段应用较差。随着计算机及网络信息技术在药检所管理中的广泛运用，药检所管理手段在不断进步。而运用计算机及网络技术管理档案的少，信息量小，基本还停留在手工收集、手中操作、手工检索上，缺乏利用现代化技术设备的手段，不利于档案的收集、编研、修史编志、开发和利用，不利于发挥药检档案更大的、应有的技术支撑作用。
8未将档案管理与药检业务建设同步规划、同步发展。在药检所近、远期规划中，一般对检验(测)设备、人员结构、技术水平、质量目标、检验项目及能力等都会作比较详尽的规划，而对档案管理、档案设备投入等考虑较少或完全未纳入规划中，造成药检档案管理水平不能与药检业务同步发展。药检档案管理水平的滞后，必将影响药检业务技术的发展，影响药检所整体管理水平的提高，影响实验室资质认定和能力认可。
9监管关系的变化，使药检档案受到较高重视。一方面药品检验报告是判定一个药品是否符合规定的法律文书，若该被检药品被判不符合规定，监管相对人轻者被课以小额罚款，重者被处几万、几十万乃至上百万巨额罚款，甚至是取消经营许可证、生产许可证或是药品批准文号的严厉处罚，超出了一般药品生产、经营和使用机构的承受能力，使监管相对人存在戒心；另一方面随着我国市场经济的发展，民众购买被称作特殊商品的药品比日用品还方便，致使常规意义的消费者观念被引用至治疗活动中，由于药品费用居高不下，当药品治疗效果不理想时，就怪罪药品质量、怪罪药品生产和经营单位，要求赔偿。这其中，具有仲裁性和公正性的药品检验报告就成为了双方裁决质量争议的焦点。而药检报告质量尚有一定缺陷，使提高药检报告书写质量及其可溯源性，完善药检报告管理成为了药检档案管理的重要内容。
10药检档案开发利用少。主要是由于档案的内向性、封闭性，加上决策者及档案管理员本身缺少对档案价值的认识，档案室在单位中又处于弱势地位，馆藏建设被作为档案室的后台工作、传统工作，主要精力放在前台，重保管、轻利用，编研成果不多，档案利用实例不汇编、不发表，使其应有的文化功能没有得到充分发挥，很少直接影响大众的生活品质。
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