征税对象区别。房产税是向卖房人征收的，契税的征税对象是境内转移土地、房屋权属的承受人。
缴税范围区别。房产税限于城镇的经营性房屋，不包括农村；契税范围不限制，只要发生买卖房屋的交易就会产生契税缴纳义务。
计税方法区别。房产税对于自用的按房产计税余值征收，对于出租、出典的房屋按租金收入征税。契税以不动产的价格为计税依据，按不同的权属转移方式进行计税。
税率区别。房产税的税率通常有12%和1.2%两种，依据自用和出租的不同来定；契税一般实行3%-5%的幅度比例税率，各省、自治区、直辖市人民政府可以在幅度范围内自行确定。
免征条件区别。《房产税暂行条例》第五条 下列房产免纳房产税：国家机关、人民团体、军队自用的房产；由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的房产；宗教寺庙、公园、名胜古迹自用的房产；个人所有非营业用的房产；五、经财政部批准免税的其他房产。《契税暂行条例》第六条有下列情形之一的，减征或者免征契税：
（一）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋用于办公、教学、医疗、科研和军事设施的，免征；
（三）因不可抗力灭失住房而重新购买住房的，酌情准予减征或者免征；
（四）财政部规定的其他减征、免征契税的项目。缴纳时间区别。《房产税暂行条例》第七条 房产税按年征收、分期缴纳。纳税期限由省、自治区、直辖市人民政府规定。《契税暂行条例》第八条契税的纳税义务发生时间，为纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当天，或者纳税人取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当天。第九条，纳税人应当自纳税义务发生之日起10日内，向土地、房屋所在地的契税征收机关办理纳税申报，并在契税征收机关核定的期限内缴纳税款。
