补偿协议的印花税时不需要缴纳的，印花税属于列举性质的凭证税，凡列举的凭证都应当缴纳印花税，未列举的凭证就不需要缴纳印花税。而第五项属于兜底的其他应税凭证，到目前为止，财政部和国家税务总局并未把房屋拆迁货币补偿合同列入应税凭证。因此，这类房屋拆迁补偿合同不需要缴纳印花税。
印花税，是税的一种，是对合同、凭证、书据、账簿及权利许可证等文件征收的税种。纳税人通过在文件上加贴印花税票，或者盖章来履行纳税义务。印花税的设计者可谓独具匠心。他观察到人们在日常生活中使用契约、借贷凭证之类的单据很多，连绵不断，所以，一旦征税，税源将很大；而且，人们还有一个心理，认为凭证单据上由政府盖个印，就成为合法凭证，在诉讼时可以有法律保障，因而对交纳印花税也乐于接受。
现行印花税只对印花税条例列举的凭证征税，具体有五类：
１、购销、加工承揽、建设工程勘查设计、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
４、房屋产权证、工商营业执照、商标注册证、专利证、土地使用证、许可证照；
印花税根据不同征税项目，分别实行从价计征和从量计征两种征收方式。
（一）从价计税情况下计税依据的确定。１、各类经济合同，以合同上记载的金额、收入或费用为计税依据；２、产权转移书据以书据中所载的金额为计税依据；３、记载资金的营业账簿，以实收资本和资本公积两项合计的金额为计税依据。
（二）从量计税情况下计税依据的确定。实行从量计税的其他营业账簿和权利、许可证照，以计税数量为计税依据。
