根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，分支机构的增值税一般情况下就地申报纳税。
但是，该条同时规定，经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
《财政部、国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》（财税[2012]9号）对上述规定进一步明确：固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
在实际工作中，增值税由总机构统一汇总核算、统一申报缴纳的主要是连锁经营企业。如：《浙江省国家税务局关于连锁经营企业增值税汇总纳税有关问题的通知》（浙国税流[2005]76号）第三条规定，“经批准汇总缴纳增值税的连锁经营企业总店应按统一核算的当月应缴增值税总额向所在地主管国税机关申报纳税，即总店应纳增值税=所有总、门店销项税额-所有总、门店进项税额；门店应纳增值税为零。”因此，增值税汇总缴纳需要总机构统一核算，分支机构独立核算的不能汇总缴纳。
