我深圳公司不慎遗失上海供应商发票，经过咨询，深圳税局认为应该由销货方办理全部手续，而上海供应商认为购货方承担责任，应该由购货方办理前期登报声明和处罚手续，同时此发票超过90天期限，上海税局拒绝办理。请问，我公司应该如何处理？
《增值税专用发票使用规定》（国税发[2006]156号）第二十八条规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
企业取得的专用发票丢失应按上述规定处理。如果贵公司未在规定期限内按上述规定进行认证抵扣，该权利丧失；购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》作为购进方购进存货入账凭证。但该部分存货销售后，成本能否在企业所得税前正常申报扣除，建议企业处理之前与主管税务机关沟通。
