从2007年1月1日起，国家税务总局修订后的《增值税专用发票使用规定》（国税发〔2006〕156号）全面实施，其中对增值税一般纳税人开具红字专用发票提出了一系列新的管理要求。根据有关规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》），申请开具红字专用发票。
主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》）。《通知单》应与《申请单》一一对应。销售方凭《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《通知单》一一对应。《通知单》一式三联，第一联由购买方主管税务机关留存，第二联由购买方送交销售方留存，第三联由购买方留存。《通知单》应加盖主管税务机关印章。
一般纳税人在开具专用发票时就发现有误的，可即时作废；在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理，不需开具红字专用发票。作废条件是指同时具有下列情形：收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；销售方未抄税并且未记账；购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误（购买方已收发票）等情形或者因销货部分退回及发生销售折让的，由购买方填报《申请单》，《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。经认证结果为“纳税人识别号不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，《申请单》上应填写相对应的蓝字专用发票信息；认证相符并且已经抵扣进项税额的，不填写相对应的蓝字专用发票信息。
主管税务机关对《申请单》进行审核后，出具《通知单》。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票。购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。属于“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，不作进项税额转出。
发生销货退回或销售折让的，销售方还应在开具红字专用发票后将该笔业务的相应记账凭证复印件报送主管税务机关备案。
因专用发票抵扣联、发票联均无法认证的，由购买方填报《申请单》，并在《申请单》上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具《通知单》。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，购买方不作进项税额转出处理。
购买方所购货物不属于增值税扣税项目范围，取得的专用发票未经认证的，由购买方填报《申请单》，并在《申请单》上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具《通知单》。销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，购买方不作进项税额转出处理。
开票有误的如何开具因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报《申请单》，并在《申请单》上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具《通知单》。销售方凭《通知单》开具红字专用发票。
因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报《申请单》，并在《申请单》上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具《通知单》。销售方凭《通知单》开具红字专用发票。
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