专用发票由基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。而增值税普通发票基本联次为两联，比专用发票少了抵扣联。
增值税专用发票是使用一般计税办法的增值税一般纳税人取得进项税额的合法有效抵扣凭证。普通发票不得用于抵扣。
增值税专用发票（含增值税专用发票、机动车销售统一发票）由增值税一般纳税人按规定开具。纳税人取得的增值税专用发票上注明的增值税税额，可以从增值税销项税额中抵扣。
普通发票（含增值税普通发票、机动车销售统一发票、增值税电子普通发票、门票、过路（过桥）费发票、定额发票、客运发票和二手车销售统一发票）由增值税一般纳税人和小规模纳税人按规定开具。纳税人取得的普通发票上注明的增值税税额，不能从增值税销项税额中抵扣。财政部、国家税务总局另有规定的除外。
（一）根据国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知（国税发[2006]156号规定：“专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。……；抵扣联，作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证”；增值税普通发票基本联次为两联，比专用发票少了抵扣联。
（二）增值税专用发票是使用一般计税办法的增值税一般纳税人取得进项税额的合法有效抵扣凭证，可以通过发票认证、发票平台查询确认等方式进行进项税额抵扣。普通发票不得用于抵扣。
（三）增值税一般纳税人在发生应税行为时可通过增值税发票管理新系统税控专用设备自行开具增值税专用发票；现阶段增值税小规模纳税人需要使用增值税专用发票，需到税务机关申请代开。
