对以上三种处理办法，在税收上的效果是不同的。比如，某专家取得了一项发明，该专利公布以后，就有几家企业愿意以不低于1000万元的价格购买这项专利，另外又有一些企业希望与他合作办实业。作为专利权的所有者，此时应该如何决策呢？在这里我们不妨从税收的角度作一个理财分析。
如果直接转让专利以取得现金，则可以取得收入1000万元，但是同时应该缴纳有关税金。
按照营业税有关法规规定，转让专利权属于转让无形资产，应该缴纳营业税，其税率为5％。但根据（则税字[1999]273号文的规定，如果纳税人履行了有关手续，可以免税，只是办理程序较复杂，耗时较长。
按照个人所得税法规的有关规定，转让专利权属于特许权使用费收入，应该缴纳个人所得税。特许权使用费收入以个人每次取得的收入，定额或定率减除规定费用后的余额为应纳税所得额。因为该所有入一次收入已超过4000元，应减除20％的费用。所以该专利权所有人应纳税额为：
[1000－1000×20％]×20％＝160（万元）。
如果该专家通过投资建厂使自己所拥有的专利变为资本，然后通过销售产品取得收入，情况就会发生变化。由于新建企业，大多都可以享受一定的减免税优惠。在税收上；他所要负担的个人所得税与方案一相比，必然大大地降低。
该方案的优势是使他的资产通过经营过程实现了保值、增值，产生了长期的经济效益。当然，这样做是有条件的：一是要有其他资金的支持；二是自身要有经营才能；三是要有其他所必备的条件等。
如果无力独立经营而选择与他人合作经营，发明人出技术（专利），其他人出资，建立有限责任公司，只要事先约定好专利权占企业资本的比重，那么，在企业生产经营正常的情况下，就可以根据各自所占有的比重分配利润。他的专利权所折资本1000万元将在经营期内摊到产品的成本中，通过产品销售收入收回。除了企业应负担的税收外，他仅需要负担投资分红时所应承担的个人所得税额，而其资本份额在转让之前，不需负担其他税收。
如果他选择在股份有限公司拥有股权的话，他承担的税负如何？预期的收入可能有多少呢？
按照营业税有关法规的规定，以无形资产投资入股，参与接受投资方的利润分配，共同承担投资风险的行为，不用负担营业税。同时，他每年可从公司税后利润中分得1000万元股权所对应的利润，至于到底是多少钱，则要看公司的税后利润有多少。但只要公司存在，如果他不转让股权的话，这个收入是长期的。当然，这部分收益作为拥有股权取得的股息、红利，应按20％的比例税率缴纳个人所得税。
作为股份公司，该所有人拥有的股权是以股份表现的，股份通常表现为股票。一旦上市，他能拥有两方面的好处，一是所持股票有可能升值，那就不只是1000万元了；二是上市后，所持股票较容易出手套现。根据个人所得税有关法规的规定，转让股票目前暂免缴个人所得税。因此，在这样的情况下，他持有的1000万元股份不仅能够保值增值，而且不用负担方案一所承担的税款。这样既获得专利收入，又获得经营收入，如此操作与单独的专利转让相比，税收负担可能是最轻的。
三种方案的利弊是明显的。方案一实质上比较单纯，没有什么风险，缴税之后，可以实实在在地握有大把的钞票，用这些钱去做想做的事。但是，其所缴纳的税收负担太重，而且收入是固定的，没有升值的希望；方案二和方案三从税收的角度讲，税收负担比较轻，而且有升值的可能性，但是风险也大，不确定的因素比较多。假如该发明人想追求更大的利益，并且自身有条件的话，可以在后两者中作出选择。
