法律规定,纳税义务人是税收法律关系中享有权利和承担义务的当事人之一,纳税义务人有权对自己的纳税事务在自己应承担的义务之内进行必要的筹划权。税务机关和纳税义务人都是税收法律关系的权利主体之一,其双方的法律地位是平等的,但由于主体双方是行政管理者与被管理者的关系,所以双方的权利和义务并不对等,表现为税收征管法中赋予税务机关具有较大的“自由裁量权”和在税收征管中“程序法优先于实体法”的规定；还由于税收征管中对纳税人规定有纳税义务和承担的法律责任,所以,纳税人的税务筹划就必然存在风险。企业集团税务筹划风险是企业集团的财务活动和经营活动针对纳税而采取各种应对行为可能出现的筹划方案失败、筹划目标落空、偷逃税罪的认定及其由此而发生的各种损失和成本支出。包括：法律风险、行政执法风险、经济风险、信誉风险和关联企业不执行税务筹划方案风险。
企业集团税务筹划法律风险是企业集团在制定和实施税务筹划方案时,所面临其预期结果的不确定性,而可能承担补缴税款的法律义务和偷逃税的法律责任。如果企业集团在现有条件中只有其中主要条件或大部分条件符合税收优惠政策的规定,为享受税收优惠政策,就要对部分经营活动从形式上进行变通或从会计政策的选择上来满足税收优惠政策的规定,如果变通或选择的“度”把握不当,企业集团为此就要承担追缴税款、加处滞纳金和罚金的法律责任,严重的还要承担刑事责任。
企业集团税务筹划行政执法风险是企业集团在制定和实施税收筹划方案时,所面临预期结果的不确定性,而可能承担因税务行政执法偏差导致税收筹划失败的风险。严格意义上的税务筹划应当是合法的,符合立法者的意图,但这种合法性还需要税务行政部门的认可。在这一确认过程中,客观上存在着税务行政执法偏差从而产生税收筹划失败的风险。由于我国税法对具体的税收事项常留有一定的弹性空间和税务行政执法人员的素质参差不齐,这些都客观上为税收政策执行偏差提供了可能。换句话说,即使是合法的税务筹划行为,也可能因税务行政执法偏差在实务中根本行不通；或者被视为偷税或恶意避税而加以查处。不但得不到节税的收益,反而会加重税收成本,产生税务筹划失败的风险。
企业集团税务筹划经济风险是企业集团在制定和实施税收筹划方案时,所面临其预期结果的不确定性,而可能使发生的纳税筹划成本付之东流,可能要承担法律义务、法律责任的现金流出和无形之中造成的损失。如果企业集团税务筹划方案失败或目标落空,请专业人员制定筹划方案支出代理费,企业内部筹划人员的工资、福利支出、公关协调费用支出及为满足税收优惠规定而增加的支出和其他费用支出等的筹划成本将无法收回；为此还要承担追缴税款、滞纳金和罚金的支出；至于无形之中造成的精神损失也无法计量。
企业集团税务筹划信誉诚信风险是企业集团制定和实施税收筹划方案时，所面临其预期结果的不确定性，而可能承担的信用危机和名誉损失。如果企业集团曾经有过偷逃税行为，且被税务机关查实认定为偷逃税，可能被贴上有问题或不讲诚信的标签，导致税务机关对其更加严格和频繁的稽查，加上苛刻的纳税申报条件及程序，企业集团就会因此而付出额外的代价，严重的还会影响其生产经营活动及市场份额。一些企业集团以假合资形式和假高科技企业进行的“避税”行为被暴光查处后,发生了诚信危机，其产品的销售额发生急剧下降。常言道：“金杯银杯不如口碑”。良好的信誉诚信是企业集团的无形财富与生存之本。树立良好信誉诚信，只能靠企业集团诚实不欺，恪守信用，常年的日积月累。不讲信用则害人害己，最终被社会所抛弃。
企业集团税务筹划是在企业集团整体企业税负的最低化的基础上进行的。由于大多数关联企业是法人，有自己的经营权，随着产权和经营权的分离，企业集团总部能控制关联企业的组织行为而无法控制其营销行为,一般来说只能对各关联企业进行业绩考核来考核关联企业主管人员。然而企业集团税务筹划有可能伤害一些关联企业的利益，而导致关联企业主管人员阳奉阴违，不执行总部的整体方案而发生不必要的各种损失和成本支出。例如，总部为了减少当年利润，则要提高原材料的进价成本，与关联企业签定合同时又不敢在合同里写清楚意图避免税务当局进行查处，然而第二年，在物价上涨的情况下,关联企业有可能对外高价出售原材料，对总部不予理会，有可能会发生不必要的各种损失和成本支出。
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