物流企业主要是从事代理服务业务和运输、仓储业务等其他劳务的具有代理性质的服务机构，物流企业总收入中，要支付给其他如运输企业和仓储企业较大比例的费用，实际只赚取差价收入。按照现行营业税政策规定，税务机关一般是按企业统一按收取的业务收入，全额按照“服务业”5％的税率征税。无疑，这对物流企业的收入造成了重复征税。而且，由于物流行业开具的发票一般为服务业发票，按照增值税法规定，虽然其中含有大量运输费用，由于没有开具规定的运输业发票，也不能抵扣运费金额的进项税额。作为非专业运输企业的物流企业，如果不是货物运输发票的自开票纳税人，其开具的货物运输发票也不允许抵扣7％的进项税额。
根据现行税收政策，物流企业可以从以下几个方面进行税收筹划。
一是自备运输车辆的物流单位应申请货物运输业自开票纳税人。物流企业申请为自开票纳税人后，其从事联营运输业务取得的收入可以按差价征税。《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）规定，利用自备车辆提供运输劳务的同时提供其他劳务（如对运输货物进行挑选、整理、包装、仓储、装卸搬运等劳务）的单位（以下简称物流劳务单位），凡符合规定的自开票纳税人条件的，可以认定为自开票纳税人。《货物运输业营业税征收管理试行办法》（国税发[2003]121号）第十四条规定：对自开票纳税人的联运业务，以其向货主收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计算征收营业税。联运必须同时符合以下条件：（一）自开票纳税人必须参与该项货物运输业务；（二）联运合作方向自开票纳税人开具货物运输业发票；（三）自开票纳税人必须将其接受的货物运输业发票作为原始计账凭证，妥善保管，以备税务机关检查。《国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》（国税发[2005]208号）也规定，试点企业将承揽的运输业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他运输企业的运费后的余额为营业额计算征收营业税。如果物流企业不符合货物运输业自开票纳税人资格的，其按差价征税的规定自然不能享受。
二是要分开核算不同应税业务，按照不同税率缴纳营业税。物流企业分别业务核算，可以将税率低的运输业按照3％税率纳税；如果没有分开核算运输、仓储或其他业务，则统一按照5％的税率缴纳营业税。国税发[2004]88号文件规定：自开票的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票；提供其他劳务取得的收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。凡未按规定分别核算其应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。国税发[2005]208号文件要求物流企业将收入分别交通运输业务和仓储业务核算，然后分别按差额进行征税处理。即：（一）提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票。凡未按规定分别核算其营业税应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。（二）试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应以该企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。因此，对于一项业务即涉及运输业收入又涉及其他营业税应税劳务收入的，应分别开具发票结算，以免全部收入从高适用税率。
三是可以合理确定运输业务收入和仓储等其他应税业务收入金额。从上述税法规定分析，物流企业结算的收入如果分开核算，分别取得收入的话，就不应统一开具发票收取价款。否则，不能分开结算收入，运输业务收入就不能享受差价征税和低税率征税的规定。这对一项业务既含有运输业务又含有仓储业务和其他服务业务的企业来说，其经营活动是会受到一定的影响。尽管如此，这一规定也为物流企业和接受物流企业劳务的纳税人留下了税收筹划的空间。如物流企业有既提供运输业务又提供仓储业务的一项劳务，就可以在合理的范围内，扩大运输业务收入，减小仓储业务收入，这样不仅使转换运输的仓储收入减少了2％的税率，也增加了接受发票单位的运费增值税进项抵扣数额。
四是其他物流企业应争取成为试点企业，尽快享受新政策规定的待遇。国税发[2005]208号文件只规定了37户试点物流企业可以执行这一政策，说明其他物流企业暂时还是不能按新的政策执行。虽然如此，但是文件提出，各地地方税务机关可以根据本地区物流行业发展的实际情况，选取具有一定经营规模、管理集约化并依法纳税的现代物流企业，向国家税务总局推荐参与试点。被推荐的企业经国家发改委、国家税务总局联合确认后，纳入试点物流企业名单。其他物流企业纳入试点后，便可以按照新税收政策规定执行。
