造成上述问题有多方面的原因，除了城镇化过程中对我国国情和城市化道路缺乏清楚的认识、政府政绩观和干部考核制度存在偏差、没有建立科学的城市规划工作体系、城市发展管理滞后、土地征用双轨制等原因外，财政税收体制不顺、政策导向不明、公共服务意识不足、建设资金来源不稳，导致提供的公共服务规模、结构与质量不能适应城镇化进程的内在要求也是重要方面。
1.地方政府事权与财力的不对等是引发城镇化问题的直接原因。地方政府既要担负地方社会的管理、兴办地方社会事业、保证地方社会福利，同时更要肩负起地方社会经济发展的职能。但分税制改革后，我国在财政体制上没有建立起科学合理的财力与事权相对称格局。地方事权不断增加、财力不断减弱。有限的收入难以满足城镇建设和公共服务的资金需求，巨大的资金压力，迫使地方政府多方寻找出路，圈占耕地、操纵土地市场价格等，通过城市的规模扩张，带来地方政府财政税收最大化效应，形成预算内依靠扩张带来的工商业税收增长，预算外靠“土地财政”土地出让收入增长格局。
2.我国城镇基础设施管理体制，仍然是政府垄断经营、财政投资为主的格局。城镇基础设施是城镇存在和发展的物质基础，但城镇基础设施建设体制改革滞后，没有建立起适应城镇化发展需要的主要的、稳定的、长效的资金投入机制。市场化融资、特许经营的等进展较慢。债券、股票融资比重偏小，财政资金和银行贷款投入仍超过一半以上。建设资金过渡依赖土地出让收益没有改变，导致了我国城镇化过程中短期行为特别突出。
3.公共财政和公共服务型政府理念还难以贯彻。虽然从1998年开始，已经提出了构建公共财政框架，但在实际运作上，很难确定政府发展的职能与提供公共服务职能之间的界限。与此同时，提供公共服务需要强有力的财政保障，这就使得地方把更多的精力和关注点放在经济发展上，导致了在发展理念和思路上，片面追求经济增长速度，不断追求眼前利益最大化，而忽视了居民对医疗、教育等不直接产生经济效益的公共产品的需求。由于长期以来的制度原因，尽管中央和地方财政不断加大对公共服务的投入，但直接的后果却是造成大量优质的教育、文化、科技、医疗资源向大城市过渡集中，加剧了大城市、中心城市、小城镇之间公共服务水平的差距。
4.土地出让收入管理制度不够健全。按有关规定，新增建设用地有偿使用费，30%上缴中央财政，70%留给地方财政，专项用于耕地开发，但大部分被挪用于城市开发。一些地方没有严格按照规定，将土地出让金收入纳入预算管理，监督机制不健全，使用开支不透明，使形象工程建设的资金难以从源头上遏制。
5.与行政区划体制相配套的财税体制，制约了城市群的发展。现行的行政区划体制与财政管理体制、税收管理体制相结合，形成了明显的行政区经济特征，地方政府在政绩压力驱动下，致力于地域间“兄弟博弈”，将发展经济放到至高无上的地步，重投资，抓政绩，使得城市之间的经济关系在竞争中逐渐离散，而不是城市群发展需要的集中，这种板块经济、诸侯经济模式使得城市群之间的合作和协作难以实质性扩展。
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