土地用途的不确定性是指从不同渠道求证来的土地用途具有明显的不一致性，所谓“殊路不同归”。
1、土地用途与房屋用途不一致。目前我国房地产界绝大部分地区实行的是分开管理体制，国土部门颁发土地使用证，房管部门颁发房屋所有权证。两种登记所依据的分类系统不一样，土地用途与房屋用途不可能一致。再加上两种登记是两班互不沟通的人马在不同的时点进行，更加剧了土地用途与房屋用途的差异性。
2、合法用途与实际用途不一致。合法用途是指土地、房屋的登记用途。改革开放以来，城市发展日新月异，一块土地的区位随着城市的拓展及城市生产力布局的调整而不断变化，土地区位的变化引发了土地潜在价值的产生，土地原用途(合法用途)价值与新的土地潜在价值的矛盾，特别是新的土地潜在价值大于土地原用途价值时，土地的产权人将有更强的欲望去实现土地的潜在价值，也就是改变原土地用途。近几年来，由于土地登记部门的工作滞后或土地产权人的法制观念淡薄等原因，土地的合法用途与实际用途不一致的现象越来越普遍。
3、实际用途的合法性与科学性的矛盾。在法制社会，合法性是判断事物适时与否的首要标准，再美好的事物如果不合法也就失去了它立足的基础。但是，我国现阶段仍处于经济体制改革的转型期，离成熟的社会主义市场经济体制还有一段距离，这个时候，由于法律的滞后性、合法性的东西可能是我们要改革的，不合法的东西可能是我们下一步将使之合法的。在这种情况下，如果我们把改革的目标以不合法为由一棍子打死，将有悖我国改革开放的初衷，也不符合社会经济发展的一般规律。土地的实际用途合法，但它并不一定符合城市建设的发展规划;土地的实际用途不合法，但它并不一定不符合城市的发展规划。
土地的市场价格是土地估价的基础，一般土地估价所说的价格就是指的土地的市场价格，也就是人们常说的土地的客观合理的价格。虽然，实际操作中估价的不一定是土地的市场价格，而是土地在某些假定条件制约下的正常价格，但市场价格毕竟是一切估价目的、估价基础、限制条件下的土地价格的基准。如何针对土地用途的不确定性，科学合理地设定在土地市场价格基础上地价定义中的土地用途呢?
1、土地用途与房屋用途不一致时。有人说，房随地走;也有人说，地随房转;其实，房地是一体，谁也离不开谁。有地不盖房，土地不利用，土地的价值也不存在;盖房不在地上，成了空中楼阁，实际是不存在的。不过根据不动产估价国际流行看法：土地具有价值，而改良物则是贡献价值;土地可优先取得来源于不动产的全部收益，也可优先取得来源于改良物的所有报酬。(此观点来源于《不动产估价(第11版·中文简体版)》/美国估价学会著;不动产估价翻译委员会译。)因此，当土地用途与房屋用途不一致时，设定土地用途需以土地用途为依据。
2、合法用途与实际用途不一致时。留谁?弃谁?主要看谁与城市土地规划用途相一致，如果实际用途从理论上(城市土地规划资料)说已经可以合理地预期规划许可会被批准的时候，设定土地用途就应以实际用途为依据。
3、合法用途与实际用途一致时。当土地合法用途 (实际用途)与城市土地规划用途一致时，设定土地用途当然应以土地合法用途(实际用途)为依据。当土地合法用途(实际用途)与城市土地规划用途不一致时，如果待估土地已划入城市建设拆迁改造计划范围，为了体现城市规划造就土地价值，土地价值引导土地利用的城市建设运作模式，设定土地用途应以土地的城市规划用途为依据;如果待估土地未划入城市建设拆迁改造计划范围，设定土地用途宜在现状利用条件下以土地合法用途(实际用途)为依据。
5、土地用途很特殊难以归类时。国家标准《城镇土地估价规程》中规定，在土地估价中，土地用途主要可分为以下几类：(1)居住用地;(2)工业用地;(3)商业、旅游、娱乐用地;(4)综合用地;(5)教育、科技、文化、卫生、体育或者其它用地。土地估价中土地用途的分类与土地登记中土地用途的分类不是一一对应的关系。由于土地登记中土地用途的分类比土地估价中土地用途的分类要细，所以由土地登记中土地用途的分类过渡到土地估价中土地用途的分类，有一个归类的问题(特别是运用基准地价系数修正法时)。当土地登记用途很特殊或土地登记中土地用途的分类不规范、不具体时，有时确实很难将它归类到土地估价中土地用途的哪一类，这时设定土地用途时，就要看该宗土地周围的土地利用类型，应以该宗土地周围的主流土地用途进行归类为依据。
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