1、贷款银行几乎独自承担全部风险。住房抵押信贷关系一经成立，贷款的银行就会面临信用风险、流动性风险、购买力风险、抵押物风险、市场风险、政策风险、法律风险等，而其中信用风险、流动性风险、购买力风险和抵押物风险是最大的风险。这些风险与贷款的期限和成数呈正相关，而与贷款的利率呈负相关。由于我国没有建立转移和防范风险的有效手段，一旦风险发生，所带来的损失将几乎由贷款银行全部承担。
2、贷款手续太繁琐。办理住房抵押贷款大体上要经过咨询、申请、审核、合同公证、保险等诸环节，交费环节达到4个以上，不仅要涉及到房地产开发商、房地产交易所，而且还要到公证处、保险公司、所在单位等机构去跑，等待资格审查大约需要21天，而且有些机构和环节工作效率低，购房者至少要跑十几次才能完成全过程。
3、抵押物的处理难度较大。其一，由于我国缺乏完善的社会保障制度，贷款银行如遇借款人违约，也不能将其逐出家门置于无家可归的境地；其二，拍卖、折价处理程序不健全，缺乏应有的法律作保障；其三，如遇协议不成要向法院提起诉讼时，借款人实际上已拖欠款额达6个月，再加上诉讼后3个月的公告期，法院还未裁决时间已过了9个月。最后，即使拍卖或诉讼成功，银行也要主要承担由此带来的诉讼费、执行费、房屋评估费、拍卖费、过户费，以及房产交易税、增值税和印花税等税费支出。
4、相关法规不健全。目前，我国在住房信贷方面不仅没有基本法规，而且也缺乏在贷款对象、条件、金额、期限、利率、风险承担与防范、监管、产权等环节的专门立法，现有的商业银行法和担保法中都没有针对住房信贷的专门条款，贷款银行在开办个贷时套用的是针对企业的条款，致使住房市场的融资无法可依。
5、住房金融市场始终不健全。一是住房融资机构不配套、不成系统。至今没有设立全国性的住房融资管理中心，地方、部门分而治之的现象较为严重；专业性的住房储蓄机构只有烟台和蚌埠两家，且经营原则有待进一步探讨；住房信贷资金的主要承办单位是国有商业银行的房地产信贷部，且各自为政的情况较为严重；非银行金融机构很少涉足住房融资领域。二是贷款银行机构以集团开发贷款为主体的格局并没从根本上得到改变。三是住房金融市场运作无序状态较为严重。从政府方面看，缺少科学的监督与调控机制；从贷款银行方面看，缺乏严格的信贷审批制度，人情放款还大有存在的空间。四是从横向看，住房融资渠道单一，业务品种少，远不能满足各年龄段和各类人群对住房抵押贷款的多方面、多层次的融资需求，抵押证券、典当、信托、租赁等融资形式未能形成市场；从纵向看，没有住房债券、股息、基金的融资工具，贷款银行不能通过这些金融工具把手中持有的流动性较差的住房抵押贷款的债权转化为可以在金融市场上流通的证券，从而增大了其流动性风险，并且不能保证住贷资金源源不断地、充足地供应。五是，至今尚未形成住房融资二级市场。
