随着改革开放的深入，以房屋产权作为抵押物向金融机构抵押贷款，是企业或个人取得资金的常用手段。这类房屋在拆迁时，银行作为抵押权人，将加入到拆迁法律关系中来，否则抵押权将受到侵害，所以，抵押房屋的拆迁纠纷便具有一般房屋拆迁活动所不同的程序和特点。
所谓抵押房屋，就是设定了抵押权的房屋，是指被拆迁人所有或经营的，依照法律规定已经由被拆迁人作为履行债务的担保物的房屋。以房屋作为抵押，是担保方式中最常见的一种。其法律意义在于，当债务人不履行债务时，债权人有权从房屋拍卖或变买的价款中优先受偿。抵押房屋的特点，一是所有权受到限制：房屋一经抵押，该房屋所有人的权利就受到限制，突出表现在处分权的限制上。按照所有权制度，所有人对房屋拥有处分权，而抵押之后，就不得变更房屋的所有权，由此影响到拆迁活动中对房屋补偿安置的权益，未经抵押权人同意，被拆迁人不得擅自作出处分。二是抵押权依附于债权：由于抵押房屋的目的是确保债务的履行，该债务应当是合法存在的。如果该债务消失，而被拆迁人的房屋上的抵押义务也随之消失，抵押权人不得限制原抵押物所有人的处分权。三是抵押权须依法设立：在民间借贷中，债权人要求债务人提供房屋抵押作为债的担保，经常是以双方立字为据，忽略了抵押登记制度的存在，因此产生抵押权的瑕疵。在拆迁实践中，常有合同约定的抵押房屋被拆除，补偿完毕后，债权人才得知消息，因而权利受到损害而产生纠纷。四是抵押房屋的性质变化：在很长一段时间内，设立抵押权的房屋多为私房，而近年来，这种性质发生了逆转，企业用房占抵押房屋中的比例越来越大，而企业效益下降的范围越来越广，一旦拆迁，就会出现补偿金是优先安排职工还是偿还债务的矛盾，确实很难处理。
现行《城市房屋拆迁管理条例》第三十条规定：“拆迁设有抵押的房屋，依照国家有关担保的法律执行。”按照目前法律规定的两种拆迁补偿方式，拆迁设有抵押权的房屋的具体操作方式是不同的。
（1）抵押房屋拆迁，采用货币补偿方式的操作：应当先由抵押权人和抵押人协商重新设立抵押权或者先偿还债务，使抵押房屋上原有的抵押权消失，被拆迁人才能向拆迁人领取补偿金；如果抵押人和抵押权人不能订立新的抵押协议或者不能偿还到期债务，拆迁人有权暂不支付拆迁补偿金。按照合同法的相关规定，拆迁人和被拆迁人都有及时通知抵押权人的义务。对没有在拆迁期限内与抵押权人重新设立抵押或者清偿原债务的，对其补偿款可以由拆迁人交公证机关或房屋拆迁管理部门提存或代为保管。
对货币补偿的抵押房屋拆迁，需要按以上方式操作，是因为所得的补偿金应属于抵押财产。房屋抵押权因房屋被拆迁而消灭，补偿款作为抵押财产可以使抵押权人的合同权益得到保障，担保的法律制度得到贯彻执行。
（2）抵押房屋拆迁采用产权调换方式的操作：如果被拆迁人在抵押房屋拆迁时，选择了产权调换方式，其补偿操作应注意以下两点：一是抵押权人与抵押人应当就产权调换后的房屋作为抵押物重新签订抵押合同。新的抵押合同必须依法成立并登记生效。否则，拆迁人不得与被拆迁人订立拆迁补偿安置协议，即使订立也因违反担保法的规定而无效。二是抵押权人与抵押人在拆迁期限内达不成新的抵押协议的，该房屋视为产权有争议的房屋，由拆迁人提出拆迁补偿安置方案，报房屋拆迁主管部门审核同意后实施拆迁。拆迁前，房屋拆迁管理部门应当组织拆迁人对被拆迁房屋作勘察记录，并由拆迁人向公证机关办理证据保全。
抵押房屋拆迁，未达成新的抵押协议，一般情况是被拆迁人方面的原因居多，主要是对原抵押合同持有异议。对此，抵押权人应及时提起诉讼，避免债权落空。
实践中，抵押房屋中还有一种十分特殊的情况，就是开发商开发的房屋尚未竣工就遇到了拆迁的情况。而在建工程除向银行贷款作为抵押外，还可能存在拖欠了工程款和已预售的情况，对这种房屋拆迁产生的纠纷的处理，必须按照《合同法》第286条和相应的司法解释来处理。合同法第286条规定：“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期支付的，除按照建设工程性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程拍卖。建设工程的价款就该工程折价或拍卖的价款优先受偿。”对此，最高人民法院有相应的司法解释。在建工程遇上拆迁时，无须折价拍卖，也是按市场评估计算补偿金额，但该在建工程的补偿款应按以下顺序处理：第一，如果该在建工程尚欠施工单位的工程款，在拆迁补偿时，该补偿金施工单位有优先受偿权，而不能先支付抵押权人或抵押人。第二，如果该在建工程不欠施工单位的工程款，但既已抵押，又已预售。作为购买房屋（在建工程）的购房者，其善意购买的行为受法律保护，如已付清全部或大部房款后，遇上拆迁，其已付的购房款应在拆迁补偿金额中优先退还。第三，如果该在建工程既不拖欠施工单位的工程款，也未向社会发售，那么除非抵押人与抵押权人协商重新设立抵押权，否则该拆迁补偿款应优先偿还银行的借款本息。否则拆迁人与被拆迁人将连带清偿原抵押贷款的本息。
2、被司法机关查封房屋的拆迁问题：
在拆迁实践中，作为拆迁人应当努力尽到合理的注意义务，要摸清楚被拆迁的房屋是否已被法院查封，是否已被设定了抵押，是否存在着租赁的情况，等等。如果发现已被法院查封的，一般应当采取货币补偿的方式，将补偿款存放到拆迁主管部门，以等待法院的最后执行。
（1）所有权与经营权分离，形成了特殊的补偿权利主体
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