1、法律性质不同。预告登记是由《民法典》规定的一种不动产登记制度，属于民事制度。而商品房预售登记备案制度是由《城市房地产管理法》规定的行政管理措施，属于行政管理制度。
2、实际功能不同。预告登记制度的主要目的就是为了保障债权人将来能够实现物权，就预购商品房的预告登记而言就是为了使得预购人在预购的房屋办理了所有权初始登记之后，能够办理所有权转移登记，从而确定取得房屋的所有权。但是，商品房预售登记备案制度在行政上对预购人具有保护功能，有助于建设行政管理部门加强对房地产市场的监督管理，维护房地产市场的健康发展。
3、操作上的不同。预告登记必须是在双方有预告登记的约定之后才能申请。如果没有当事人的约定，任何人不得强制预购人或者预售人进行预购商品房的预告登记。预告登记原则上必须由双方共同申请，除非法律法规或者当事人另有约定。而商品房预售登记备案制度是一种只针对房地产开发企业的强制性制度，是开发商必须履行的一种商品房销售行为，无需双方另行约定。
4、适用范围不同。预告登记的适用范围比商品房预售登记备案的适用范围广。依据《民法典》第第二百二十一条第一款的规定，只要是当事人签订买卖房屋或者其他不动产物权的协议，为保障将来实现物权，都可以按照约定向登记机构申请预告登记。因此，在房屋的买卖、抵押和建设用地使用权的转让中都可以进行预告登记。但是，商品房预售登记备案制度只适用于商品房预售。
