1、建设资金不足。资金是公共租赁住房建设与发展的保证，一方面公共租赁住房房源筹集需要大量资金；另一方面，建成后的住房也需要大量的运营维护费用。因此，融资机制是影响公共租赁住房持久性与稳定性的关键因素。单一的融资渠道成为公共租赁住房亟待解决的瓶颈。一方面，我国公共租赁房建设的一般模式是由政府划拨土地，国企开发建设，建设资金大部分来源于财政拨款，对政府依赖性过大。在部分地方政府严重依赖土地财政的现状下，地方财政作为公共租赁住房的投资主体就会面临重重压力。另一方面，由于公共租赁住房所需贷款时间较长，使得房地产信托投资基金和保险资金等不愿参与公共租赁住房的建设和运营，金融机构也没有较强的意愿给其发放中长期贷款。这就造成社会资金不能介入到公共租赁住房的建设和运营领域，市场化的融资机制未能充分建立起来，限制了其资金来源。
2、房源不足。我国的公共租赁住房建设从2009年开始起步，2009年和2010年建设的数量相对较少，分别只占各类保障性住房的5.9%和6.2%，到2011年建设数量才有了大幅度的增加，上升到了22.4%。但是政府所提供的公共租赁住房与符合公共租赁住房申请条件的“夹心层”、外来务工人员和新就业人员的数量却相去甚远。据估计，“十一五”期间，我国农村人口向各类城镇转移的总规模达到了7500多万，年均转移1500万以上；高校的毕业生也是迅猛增加，从2006年的413万增加到2011年的660万。总体而言，在现阶段我国公共租赁住房还存在供不应求的局面，各地公共租赁住房轮候期较长。
3、租金、租期设计不够科学。我国在公共租赁住房的租金设计上主要存在两个问题，一是租金水平存在不合理现象。有的地区规定的公共租赁住房的租金明显偏低，例如，厦门规定公共租赁住房的租金约为同区域、同类住房市场指导租金的10%～30%左右，很明显这种具有保障性的公共租赁住房变成了一块“大蛋糕”，政府在租金上补贴过高，并不利于公共租赁住房制度的可持续发展。二是当前我国大部分城市租金采取“一刀切”的方法，未采用分级制。例如，深圳市规定，公共租赁住房租金约为同区域同类住房市场指导租金的60%～70%左右，这对于广大既不符合廉租房的申请条件又买不起经济适用房的中低收入住房困难家庭而言，依然偏高，政府租金补贴偏低。
另外，对于租期的规定也比较笼统。在租期的设计上，有的城市规定的租期过短，导致公共租赁住房租赁者缺乏稳定感，担心收入过线就得搬家。这样一方面打击了租赁者积极进取的心理，另一方面也不利于房源的维护，入住者由于担心随时可能离开，有可能不爱护房屋。
