企业资产损失申报分为清单申报和专项申报。清单申报项目，可按会计核算科目进行归类、汇总，然后再将汇总清单报送税务机关，有关会计核算资料和纳税资料留存备查。专项申报项目，应逐项(或逐笔)报送申请报告，同时附送会计核算资料及其他相关的纳税资料。
对清单申报方式的资产损失，《企业资产损失税前扣除管理办法》(国家税务总局公告2011年第25号)采取了列举方式，包括：企业在正常经营管理活动中，按照公允价格销售、转让、变卖非货币资产的损失，各项存货发生的正常损耗，固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失，生产性生物资产达到或超过使用年限而正常死亡发生的资产损失，按照市场公平交易原则，通过各种交易场所、市场等买卖债券、股票、期货、基金以及金融衍生产品等发生的损失。另外，《国家税务总局关于商业零售企业存货损失税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2014年第3号)规定，商业零售企业存货因零星失窃、报废、废弃、过期、破损、腐败、鼠咬、顾客退换货等正常因素形成的损失，为存货正常损失，将汇总数据以清单的形式进行企业所得税纳税申报，同时出具损失情况分析报告。
对于专项申报方式的资产损失，企业货币类、债权类、非正常损失资产类、非公开市场投资类、存货等非货币性资产非公允价交换类、与免税收入有关等资产损失应以专项申报形式申报扣除。企业无法准确判别是否属于清单申报扣除的资产损失，可以采取专项申报的形式申报扣除。另外，国家税务总局公告2014年第3号明确，存货因风、火、雷、震等自然灾害，仓储、运输失事，重大案件等非正常因素形成的损失，存货单笔(单项)损失超过500万元的，应以专项申报方式进行企业所得税纳税申报。《国家税务总局关于企业因国务院决定事项形成的资产损失税前扣除问题的公告》(国家税务总局公告2014年第18号)明确，企业因国务院决定事项形成的资产损失，不再上报国家税务总局审核，应以专项申报的方式向主管税务机关申报扣除。
这里还要注意汇总纳税企业资产损失扣除的规定，分支机构要双重报送，既要向当地主管税务机关申报，又要向总机构报送。总机构对分支机构上报的资产损失以清单申报形式向当地主管税务机关进行申报。总机构将分支机构资产捆绑打包转让的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。例如，某企业总部设在南京，在北京、上海、广州有3个分公司，2014年度广州分公司发生150万元的资产损失。则广州分公司应向广州主管税务机关进行申报，并同时上报总部；总部应以清单申报形式向南京主管税务机关进行申报。
