（一）产权界定问题。因产权界定而产生的诉讼，双方的举证往往有一定的难度，这是因为企业成立时间较长，而且在《公司法》出台之前企业的产权结构较为混乱。处理这类案件应从原始的投资状况入手，先分清投资主体的多少，然后是投资份额的认定，还有后续部分的投资，最后是在经营过程中产生资产的认定，在认定中应严格区分债权和股权，如果在投入中约定了固定的收益不承担风险的行为应视作债权而不应作为产权主体。
（二）资产评估问题。在资产评估中受到损害的一方可提起诉讼，法院在办理这类案件时不一定以评估机构的结果作为定案依据，而应根据实际情况，重新作出估计。一般有问题的评估报告总是和市场的实际价格有相当大的距离，或是对无形资产的评估考察的因素不全面，使其与价值背离，如有此类情况则法院可予以纠正。更有甚者，如果在办案中发现主要责任人因评估行为使国有资产流失并从中谋取私利的话，则应马上移交侦查机关立案。
（三）平等自愿问题。如果是在收购中有欺诈行为，则可以认定为无效收购。如果是因奉上级或政府之命收购或被收购，则应视实际情况而定，假如没有违反法律的规定，同时也没有其他导致合同无效的行为发生，则应认定收购有效。
（四）债务逃避问题。在收购过程中，因资产评估、财产清算、债权债务处理等方面的缺欠债权或被遗漏，或被搁置，或被否认使债权处于漂浮置空状态，债权人的利益得不到保障，利用收购逃废债务违反了民法通则的诚实信用原则，恶意损害债权人的利益，是严重违法行为，具有极大的危害性。此时，收购可以说是一种障眼法，目的只是为了披着合法的外衣避债，给债权人造成相当大的经济损失，使债权人讨债无门，法院执行也很困难。我国法律是严禁这种行为出现的，一经查实，就应判定这样的收购无效。
（五）劳动关系问题。依照法律规定，公司被收购后的劳动关系不应发生变更，已同职工订立的劳动合同依然有效，但实际情况亦不完全都是这样。收购方如果在劳动关系问题上对被收购方有虚假承诺的行为，则可认定收购方的主观恶意，违反诚实信用原则从而导致收购无效。
（六）举牌问题，即发出要约的时机问题。我国《证券法》规定收购方在持有一个上市公司已发行股份的百分之三十时必须向该上市公司所有股东发出收购要约，之前在持有该公司百分之五以上股份时应当报告证券管理机构，并公告，以后持有股份每上升五个百分点都应进行公告。举牌是收购发生的第一步，收购是否成功需要仔细研究市场情况，以确定在什么时间和以什么样的价格容易达到目的。
（七）信息披露问题。在上市公司收购的过程中，每一步都伴随着必要的信息披露，因为收购面临的是不特定的大多数，在股权的变迁中不能损害其他股东的利益，而且证券市场自身的性质决定了消息决定了价格的波动，无形中使股东的风险增大，同时也为大资金造市提供了方便，所以信息披露是相当重要的。信息披露中主要遇到的问题是内容的真实性和合法性，不应出现隐瞒真实情况，或提供虚假材料的现象，如有，则应承担相应的法律责任。
（八）恶意收购问题。恶意收购的目的不在于收购本身，而是通过收购手段牟取暴利，客观上扰乱了证券交易市场。一般恶意收购所采用的方式主要是散布虚假消息，使股票价格异常波动，或使用多个帐户购买某公司股票，等到披露信息时再进行虚假的买卖行为，实际上此时它已经完全控制了该公司股票；或打着收购的幌子，目的是使股价上涨而使自己手中所持有的低价股票在高位抛出，牟取暴利，等等。
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