第一、基于协议的公司股权回购中的法律风险。股权内部转让的特别约定可通过公司章程予以体现。一方面，法律允许公司章程充分体现股东的意志或利益，只要不违反法律的规定，就具有法律效力。另一方面，由于公司章程的修改需经过严格的程序，对股东权益的确认和保护具有积极的作用。
第二、基于法律的公司股权回购中的法律风险。这里仅指公司回购异议股东的股权，而且这种回购是异议股东行使回购请求权的结果，是法律对中小股东权益的特殊保护，在符合法定条件下，公司必须收购有关股东的股权。所谓异议股东行使回购请求权是指当股东会议决议事项与股东有重大利害关系时对股东会决议投反对票的股东有权请求收购其股权，也即退股，它是股权转让的特殊救济途径。根据法律规定，异议股东股权回购权的发生需要满足以下条件：提出主体必须是在股东会上对上述事项的决议投了反对票的股东，其他股东则无权行使该项权利，包括未参加股东会而事后称欲投反对票的。投反对票必须有书面记载，如股东会会议记录;回购的前提可以概括为应分配利润而不分配、应解散而不解散、公司合并、分立或者转让其主要财产等三种情形，不具备法定实体条件，不能主张回购权;异议股东应当在股东会决议通过之日起六十日内与公司达成收购协议，否则，可在股东会决议通过之日起九十日内提起诉讼。可以看出，异议股东可以提起股权回购之诉，增加了股权回购的可能性。
(2)股份有限公司公司股权回购中的法律风险。在股份回购中，公司或是利用现金或还是以债权换股权或是优先股换普通股的方式购回其流通在外的股票，这样会导致公司股权结构变化，由于公司股本回缩，而控股股东的股权没有发生变化，因而原有大股东的控股地位得到强化，而且其更重要的意义在于通过股本的回缩(减资)，使流通在外的股票减少，从而提高了每股盈余，降低其市盈率，导致股价上涨。公司法对收购本公司股份的特殊条件、回购数量及回购程序作出了具体规定，具体分析如下：
第一、回购条件不具备的法律风险。法律规定只有在符合“为减少公司资本而注销股份或者与持有本公司股票的其他公司合并、将本公司股份奖励本公司职工、对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议的条件下”，公司才可以回购股份。如果不具备条件，应承担相应法律责任。
第二、回购程序瑕疵的法律风险。除股东对公司股东大会合并、分立决议持异议外，股份有限公司回购股份必须经过股东大会的决议，否则，将会导致股份回购的无效。同时，必须明确的是，在作出相关决议外，如为减资而收购或股东要求收购的，应在法定期限内注销股份，否则，将承担相应法律责任。
第三、回购数量限制的法律风险。对回购数量，法律不作强制性的规定，但公司股东会应根据实际情况作出决议，必须考虑到现金流量和债务承担能力问题。但必须注意的是，法律有一个特殊的限制，如果是属于给予职工股份奖励原因的回购，其回购数量不得超过本公司已发行股份总额的5%，而且所收购的股份必须在一年内转让给职工。
