商品房抵押登记涉及面广，情况复杂，特别是目前社会诚信度较差，导致因房地产抵押及抵押登记产生的问题逐渐增多，一些不法分子趁机进行金融诈骗，诈骗手段 也日益隐蔽和恶劣。既扰乱了正常的社会秩序，也使登记机关承受了巨大的压力，办理房地产抵押登记必须慎之又 慎。 在办理商品房在建工程抵押及按揭时，须先经过预登记，在房屋交付使用后，再办理抵押登记手续。已办理了在建工程抵押登记的房地产项目，不能进行商品房买 卖。 要注重房地产抵押登记实质性审查。 (1)审查当事人资格的合法性。查验当事人是否具备抵押登记资格，委托办理者是否持有有效的委托证明; (2)审查抵押物的合法性。查验抵押物是否符合抵押登记规定，抵押物情况是否与档案资料记载一致，有无重复抵押。 (3)审查抵押登记要件的真实性与合法性。保证所提交的各类登记资料，证明与材料内容合法，记载完整，表述清楚。
如产权人配偶死亡或离异，无论权属证书的权利人为哪一方，除当事人能提出房屋所有权为其一人所有的有效证据外，属于配偶死亡的，应先办理房屋所有权继承手 续，再办理抵押登记手续。对于离婚后重组的家庭，因修改后的《婚姻法》规定婚前财产也可以约定为共有，因此，不仅要看办理房产证的时间，产权来源，还应要 求其配偶签字确认。
为了确保进行抵押登记权属证书及其记载内容与登记机关的产籍档案一致性，在抵押登记时，要查阅原始档案并通过计算机信息管理系统进行数据传递。已设立国有 土地使用权抵押的，须注销土地抵押登记方可办房地产抵押登记，坚持;“房地合一”的抵押原则。
