(一)慎重选择保全证据的公证机构。根据《中华人民共和国公证法》和《公证程序规则》规定，法人或其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、法律行为或事实发生地的公证机构提出，另外，公证机构在省、自治区、直辖市司法行政机关核定的执业区域内受理公证业务。司法实践中，法律行为或事实发生地和住所地、经常居住地经常并不一致，例如，根据《解释》规定网络著作权侵权纠纷案件的侵权行为地包括实施被诉侵权行为的网络服务器、计算机终端等设备所在地。因此，在申请证据保全公证之前，要查明拟进行证据保全的事项哪些公证机构可以办理，并综合考虑哪些法院可以管辖该案后作出选择，以便在诉讼中确定管辖连接点、调取有关公证材料、降低成本。
(二)尽量在公证机构进行电子证据保全公证。虽然法律法规规定，公证员可外出办理证据保全公证，但是，由于从技术上来讲，申请人有可能对其所控制的非公证处的计算机进行技术处理而使有关电子证据不留痕迹地被修改，例如，技术人员可以修改设置使某台计算机与其制作的特定IP地址相链接而使公证员看到不真实的网页，因此，这类在公证机构以外操作的电子证据保全在诉讼和仲裁中常常受到质疑。
(三)电子证据保全公证的内容应当体现主体、内容、时间，特别要注意连贯性，避免中间停顿或跳进。主体的信息主要表现在经营性网站备案信息、网站的ICP/IP地址/域名信息备案情况、邮箱的收件人和发件人的邮箱地址和名称、网站简介、网站联系方式。内容的保全应当对涉案内容进行逐页打印、全文保全，对涉案视频的音、像同时保全，特别注意在网站侵权、网络游戏侵权案件中，要同时保全两个网站的涉案内容作比较，并通过第三方网站的报道、数据存储等其他信息来证明在先的权利。时间信息的保存要注意服务器记录的网络时间，以便更准确定义电子证据的时间。
