（1）建立专门的电子商务税务登记制度。纳税人从事电子商务交易业务的必须到主管税务机关办理专门的电子商务税务登记，按照税务机关要求填报有关电子商务税务登记表，提交企业网址、电子邮箱地址以及计算机密钥的备份等有关网络资料。税务机关应对纳税人填报的有关事项进行严格审核，在税务管理系统中进行登记，赋予纳税人电子商务税务登记专用号码，并要求纳税人将电子商务税务登记号永久地展示在网站上，不得删除。税务机关应有专人负责此项工作，并严格为纳税人做好保密工作。
（2）建立电子报税制度。纳税人按期以电子邮件或其他电子数据传输形式直接将各类申报资料发送给税务机关，并接收回执和通知。税务机关收到申报资料后，经过电子审核、计税、划款、入库并将回执发送给纳税人；建立电子账本，纳税人保留接收的电子订单、信用卡与发货记录等，对其网络交易的业务进行单独核算。
（3）使用电子商务交易专用发票。电子商务的发展，无纸化程度越来越高，为了加强对电子商务交易的税收征管，可以考虑使用电子商务交易的专用发票。每次通过电子商务达成交易后，必须开具专用发票，并将开具的专用发票以电子邮件的形式发往银行，才能进行电子账号的款项结算。同时，纳税人在银行设立的电子账户必须在税务机关登记，并应使用真实的居民身份证，以便税收征管。
（4）确立电子账册和电子票据的法律地位。随着电子商务交易量的不断扩大，给税务稽查带来的困难也越来越大。目前的税务稽查只能以有形的纸质账簿、发票等作为定案依据，显然不能适应电子商务发展的需要。1999年10月1日生效的新《合同法》确立了电子合同的法律地位，明确电子邮件、电子数据交换等形成的数据电文同样具有法律效力。因此，在《税收征管法》、《会计法》等法律文件中也应尽快予以明确，以适应电子商务的发展需要。
（5）强化对电子商务的税收稽查。开发相关软件，设计计算机税收监控系统，自动搜集纳税人的信息资料，按照税务稽查的需要进行归类整理和储存，对纳税人进行信誉等级评级。
