1、保密义务是法定义务，而竞业限制义务则是约定义务。劳动者的保密义务源于劳动者对用人单位的忠诚义务。忠诚义务是基于诚信原则产生的合同当事人所普遍承担的一项义务。在劳动合同中，因为劳动合同的人身属性，劳动者所承担的忠诚义务的程度显然要大于一般的民商事合同。劳动者只要成为用人单位的成员，就必须要维护用人单位的合法权益，承担保密义务。保密义务是法定的，即使双方当事人在劳动合同中未约定，劳动者也应当遵守。而竞业限制则必须由双方签订协议约定。劳动者在劳动关系终止后并不当然负有竞业限制的义务，除非双方有协议约定。
2、保密义务是无偿的，而竞业限制义务则是有偿的。保密义务是法定义务，劳动者不能因为履行保密义务而要求额外报酬。用人单位即使在劳动关系存续期间或者劳动关系终止后，没有向劳动者支付额外的经济补偿，劳动者也应当履行保密义务。劳动者的竞业限制义务涵盖了劳动关系存续期间和劳动关系终止后。用人单位应当在劳动关系终止后，应当向劳动者支付相应的经济补偿。
3、违反保密义务可能承担违约与侵权责任的竞合或被追究刑事责任，而违反竞业限制义务最多承担违约责任。劳动者违反保密义务可能要承担违约责任、侵权责任以及侵犯商业秘密罪的形式责任。而由于竞业限制是约定义务，劳动者单纯违反竞业限制义务限制的，应当承担违约责任，向用人单位支付违约金。
4、劳动者是否在职都应履行保密义务，而劳动者离职后才须履行竞业限制义务。在劳动关系存续期间，劳动者有绝对的保密义务；在劳动关系终止后，有相对的保密义务，即原则上劳动者可以运用此前所学的知识或者所获的经验，但是应当兼顾原用人单位的利益，通常会有一个期限的限制。只要商业秘密在法律上还不被公众所知悉、未丧失其法律性质，劳动者无论在职与否都应当遵守保密的义务。所以只要劳动者所知悉相应的商业秘密有效存在，那么劳动者就应当一直履行保密义务。而在劳动关系终止后，为了更好的保护原用人单位的商业秘密，原用人单位可以与劳动者协议以限制劳动者的就业自主权的方式来保护商业秘密。
