然而，尽管实用新型专利检索报告制度在实践中发挥了一定的积极作用，但是，现有的实用新型专利检索报告制度并不能有效地解决实用新型专利权相对不稳定所带来的一切弊端，其在实践过程中仍然存在许多亟待解决的问题。
首先，实用新型专利检索报告法律地位尚不明确。现有的法律、法规以及相关的司法解释，均未对实用新型专利检索报告的性质予以明确的界定。根据最高人民法院的书面答复，实用新型专利检索报告不能作为实用新型专利侵权诉讼的立案依据。实用新型专利检索报告也不可能替代实用新型授权时的专利证书、授权公告文本等作为证明实用新型专利有效的法律文件。
在国家知识产权局作出实用新型专利检索报告的过程中缺少请求人陈述意见的程序，对于当请求人对该检索报告的结论持有不同意见时能否提起行政复议或复审也缺少相应的法律规定。此外，国家知识产权局制定的实用新型专利检索报告标准表格上明确印有“此检索报告不是行政决定，请求人不能就此提起行政诉讼”，该规定使得请求人也不能寻求司法救济的途径，而对于实用新型专利检索报告的可诉性也还存在着争议。
因此，就程序上的公正性和严密性而言，实用新型专利检索报告与专利复审委员会的无效宣告请求审查决定和人民法院的行政判决书相比还存在较大的差距。上述情况造成了实用新型专利检索报告更大程度上近似于一种信息咨询性质的报告，其效力还只能局限于实用新型专利有效性的初步证据，其权威性遭到了一定程度的置疑，对于司法机关、行政机关乃至当事人的约束力较低，甚至出现社会公众对实用新型专利检索报告的性质和效力的曲解。
其次，实用新型专利检索报告涉及的内容尚不完备。根据我国专利法及其实施细则的规定，涉及实用新型专利无效宣告请求的理由共有10个条款，而实用新型专利检索报告的主要内容仅是根据专利法第二十二条第二款和第三款的规定，对实用新型专利的新颖性和创造性给出评价结论，并说明相应的理由和证据;对于该专利是否符合专利法第五条或第二十五条、第二十二条第四款、第二十六条第三款以及实施细则第二条第二款的规定，仅是出于检索的考虑给出相应的结论，且无需说明理由;至于专利法第二十六条第四款以及实施细则第十三条第一款、第二十条第一款、第二十一条第二款等无效理由涉及的条款就不再进行任何审查。
而实用新型专利无效宣告请求的审查过程中，上述未涉及的条款均是无效请求人经常提出的无效理由，实用新型专利检索报告未依据这些条款给出相应的审查结论，导致即使经过检索的实用新型专利仍然存在被宣告无效的可能性，检索报告的结论只能针对部分无效理由发挥指导性作用，致使当事人预期其权利稳定性的难度和成本提高，一定程度上削弱了实用新型专利检索报告的作用。
再次，实用新型专利检索报告的准确性还有待提高。检索报告结论的关键之处就在于对实用新型专利的新颖性和创造性给出准确的结论，而结论的基础则源于对于现有技术的准确把握。在目前的实用新型专利检索报告制定过程中，其检索的现有技术的范围主要集中在包括国内外专利文献以及各种专业性期刊杂志、学位论文和报纸等的专利检索数据库。而这些数据库较少涉及学术专著、技术手册和技术标准等公开出版物，对于专利法意义上使用公开和以其他方式公开的现有技术，则由于条件的限制更无法进行有效的检索。因此，检索报告的有关新颖性和创造性的结论的准确性也是相对而言的，存在着一定不确定性。
目前实用新型专利检索报告是由从事发明专利实质审查的审查员完成的，而发明专利申请与实用性专利关于新颖性和创造性的审查标准并不是完全一致的，实际工作中两种审查标准的转换可能会对检索报告结论的准确性带来隐患。另外，没有一支长期稳定从事实用新型专利检索报告工作的审查员队伍，还会造成对实用新型专利的审查经验积累不足，难以形成系统完整的审查标准，使得实用新型专利检索报告的发展和提高受到制约。
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