法院在确定侵犯商业秘密的实际损失时，应充分考虑各方面的因素，并采取以下4种方式计算赔偿数额：
1、以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失为赔偿额。这种赔偿的计算方式要求侵害人对于商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失，应全部予以赔偿。
通常主要分为三个方面：
（1）研制开发成本，包括：花费的时间、金钱和付出的努力等，必须将该部分成本计入实际损失。
（2）现实利益损失。使用商业秘密正在给权利人带来的利益，涉及到生产成本的降低、销售额的提高、利润率的增加等，所以侵犯商业秘密造成权利人现实利益的丧失属于实际损失。
（3）最后是将来的竞争优势，即权利人对将来利益的合理预期。因为披露而使商业秘密丧失，或者不易于责令停止侵权行为的情况，将来竞争优势的丧失往往是实际损失的组成部分。确定此种损失应当考虑商业秘密的价值、利用周期的长短、市场竞争的程度、市场前景的预期等。当然，如果涉案的商业秘密尚未被公众所知悉，则权利人因被侵权所受到的损失可以根据商业秘密权利人使用商业秘密制造、销售的产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件产品的合理利润所得之积计算。
权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件产品的合理利润所得之积可视为权利人因被侵权所受到的损失。
2、以侵权人因侵权行为获得的利润为赔偿额。侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。具体来说，对于违法将商业秘密出卖给他人的，以其违法、出卖的收入为赔偿额；对于违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其获得或增加的利润为赔偿额。商业秘密权利人的损失往往难以计算，法院通常以侵权人所获得的利润作为裁判的依据。在计算侵权人侵权期间因侵权所获得的利润时，不能简单地以销售额为获利额，也不能以已生产的产品的价格总额乘以平均利润率为获利额，应当以“销售额×平均利润率=获利额”较为妥当。当这个平均利润率无法查明时，可委托评估机构进行评估。此外，商业秘密权利人的损失包括已经遭受的损失和必然遭受的损失即直接损失和间接损失，侵权人的获利是实际获利，而不包括预期获利。
3、以不低于商业秘密许可使用的合理费用为赔偿额。当商业秘密权利人与他人曾签有商业秘密许可使用合同时，可采用此种方式计算赔偿额。这是假定侵权人在正常情况下取得权利人商业秘密的许可使用时，其许可使用费应该是多少，再推定该数额为赔偿数额。当然，使用该方法计算赔偿数额，应综合考虑侵权人的性质、情节以及商业秘密许可的性质、范围、时间等因素，在不低于许可使用费至该许可使用费的3倍幅度内确定；同时还应防止商业秘密权利人与他人相互串通虚构许可使用合同及许可使用费，以向侵权人收取巨额赔偿。
4、定额赔偿。定额赔偿就是由人民法院根据案件的具体情况酌情确定赔偿额。在知识产权侵权损害赔偿中，经常出现原告的损失和被告的获利均无法查明的情况，司法实践中采取酌情赔偿的方法来处理。修改后的著作权法、商标法和专利案件的司法解释都规定了酌情赔偿的数额最高不超过50万元。由于侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行,因此，对于侵犯商业秘密的损害赔偿也应是一般在5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。除此之外，当事人自愿协商赔偿额也是实践中常用的一种方式，只要这种取舍不损害国家、社会或者第三人的合法权益。
对于上述侵犯商业秘密损害赔偿的数额计算方法非随意取舍，而是按照一定的先后顺序加以采用，具体表现为：以不正当竞争法第二十条规定的赔偿方法为指导原则并优先采用，以各种变通的方法为补充，以定额赔偿为最终的保留；即应当以能够确定权利人的实际损失或推定损失的方法优先；其次采用能够确定的侵权行为人的实际获利或商业秘密许可使用费的方法；在上述各种方法均无法确定时，采用定额赔偿方法，以切实保护商业秘密权利人的合法权益。
