著作权纠纷中原告的基础证据是涉案作品原告是否具备著作权。原告如果仅对侵权行为作了大量举证，但是就此基础问题缺乏说服力的证据，后面的公证其实是没有多大意义的。
质证时应关注公证文件中所体现的网站登录地点。尤其对于教育或科研机构侵权案件中，如果原告所选择的网站登录地点为上述机构的内部，那么气所采用的网络很有可能是内部局域网或其他少数科研人员才能登录的网页，该登录地点的选择显然不具有代表性。
无论是邮箱公证还是网站公证很关键的一点就是各证据页面之间必须实现连贯性。如果不能连贯性取证，则会使得公证的电子证据不具有唯一性的特征。在连贯性和唯一性丧失的情况下，很难构成被告的侵权。例如对某段视频的公证，如果仅仅公证了通过各种链接实现该网站某网页显示了侵权视频的首镜头，然后公证人员进行了截图。
单凭该截图其实并不能直接证明该网站的视频是否可以连续播放。即便公证人员抽样式的截图视频内容，质证时也应当对照原告公布的正版视频内容，审查抽样截图的镜头在正版视频中是否存在。
经过公证的网站截图是否完整体现了网页信息，所体现的网页信息是否为被告网站等情况，被告应当全面审核截图内容作出质证回应。
由于电子证据的多变性，原告应当一次性将一个公证业务下的所有公证材料向法院提交完毕。如果出现原告二次或多次提供公证材料包括就提供就某公证事项的情况说明（法院要求的除外），被告有权拒绝对新提供的公证材料提起质证并对整个公证业务向法院提出质疑。
该情况法律虽然没有直接规定，但是对于多次提交公证材料的情况，往往是因为前一次公证内容遗漏，甚至公证内容错误等情况所导致的。对于该类情况，已经丧失了公证本身的严肃性，降低了公众对公证的信赖。在被告提出上述质疑的情况下，法院一般支持被告的意见。
电子证据本身所体现的内容有时并非完全对被告不利。例如在对某段视频或图片进行公证时，网页截图内容有时会显示图片或视频的点击率，如果点击率过低，则被告可以此为理由请求法院降低赔偿数额。
公证费用一般为法院所支持，但是经过公证人员公证的在电子数据公证时花费的其他费用，被告应当严格质证该票据信息与案件的关联性。
