在实践中出现了一些特殊情况，在确定管辖权时应引起注意。
第一种情况，两个诉讼当事人主体均属中国人，但争议的专利权是外国专利权。如某个人将本属于单位的职务发明创造，背着单位申请了非职务发明创造，随后又通过国务院专利行政部门的PCT申请，将该发明创造在外国申请了专利，之后，又将在中国的专利申请放弃。当其单位发现时，该发明创造在中国并无专利权产生，却获得了外国专利权。单位要争夺该专利权，就涉及中国法院可否管辖及如何确定管辖权问题。
首先，中国的法院对此应当具有管辖权。双方当事人是中国人，争议的发明创造是在中国完成的，并首先申请了中国专利，为此发生争议，中国法院当然有管辖权。
其次，上述争议属于专利权归属纠纷，是专利纠纷的一种，应当按照最高人民法院关于专利案件实行特别指定管辖的规定决定。
再次，在地域管辖上，仍然应当找被告所在地确定管辖法院。即由个人的长期居所、户籍所在地的法院管辖。至于案件处理结果如何，专利权应归属于谁，如何适用法律作出判决则属另外的问题。
第二种情况：当事人均为外国人，如甲国人起诉乙国人，双方争议一项发明创造专利权的归属，如果该专利权属于在中国申请并获得的权利，中国法院也应具有司法管辖权。应当根据被告在中国的分支机构、办事处、长期或临时居住地来确定地域管辖。
第三种情况：双方当事人一方为中国人，一方为外国人，争议的专利权是中国国务院专利行政部门授予的，在确定管辖权时，如果外国人作为原告，可以按被告所在地确定管辖；如果中国人是原告，外国人是被告，且被告在中国无居所的，也可以由原告所在地法院管辖。
