1、专利侵权纠纷是由侵权行为引起的，首先可以由当事人按民事纠纷协商解决，但是不愿协商解决的就可以直接向人民法院起诉，协商不是起诉的前提条件;如果先协商而协商不成的，也不影响直接向人民法院起诉。
2、专利侵权纠纷当事人，不愿协商或者协商不成，也不向人民法院起诉的，可以请求管理专利工作的部门处理，即走行政处理的途径，这也是允许的。
3、管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，责令侵权人立即停止侵权，当事人对处理不服的，可以提起行政诉讼，行政部门当被告。
4、管理专利工作的部门作出处理后，侵权人不起诉又不停止侵权行为的，可以向人民法院强制执行，管理专利工作的部门作出的处理是有强制力作为后盾的。
5、进行处理的管理专利工作的部门，可以应专利纠纷当事人的请求，就侵权赔偿数额进行调解，如果调解不成，当事人可以向人民法院提起民事诉讼，因为调解与处理不同，行政部门只是一个工作有否效果的问题，并不是采取行政措施，所以不应当被告，而只在当事人之间充当第三人。
6、在上述过程中对专利权的保护同时发挥了司法保护和行政保护的作用，对专利侵权纠纷的当事人也给予选择司法途径和行政渠道的权利，目的是有利于实施对专利权的保护。
专利侵权纠纷在当代中国也算是高发的侵权纠纷，但因为这属于知识产权侵权纠纷中的一种，因此可能需要专门的法院进行管辖，而管辖的法院级别至少也是中级。我国也在一些大城市设立了专门处理这类知识产权纠纷的法院，不过要是专利主管部门对侵权纠纷进行处理的话，则一般情况下在立案之后的四个月之内就要结案。
