在“内港合作”和“粤港合作”框架下，通过总署缉私局、广东分署缉私局等上级部门，深圳海关与香港海关自香港回归以来，逐步建立并完善了案件通报、走私线索联合经营等多形式的双向情报交换机制。双方规定每月15日前将上月查获的跨境走私的毒品、武器、新手法及态势等以及大要案的案情、涉案车辆、船舶、人员、物品等基本信息资料通过加密电邮方式通报对方，对有关线索情况进行及时相互反馈，对一些重特大案件即时通报，实现了双方打击跨境走私情报信息的有效交流。
据了解，在粤港海关整体合作框架下，两地海关缉私部门还互设缉私联络员，定期会晤及时互相通报两地走私态势，跟进合作项目及协商新的合作内容。在陆路口岸开展紧密合作的同时，深港两地海关双方在海上还建立了海上打私协作联络机制，通过定期通报码头及海域船只情况，对重点海域进行布控，制订有针对性的防范走私策略。双方每年依据此协作机制开展了近10次海上缉私联合行动。仅2011年，就查获案件10宗，船只10艘，红油500余吨。
为了打击跨境走私毒品，深圳香港海关通过签订《打击毒品走私合作备忘录》，建立起缉毒工作例会制度、缉毒情报、案件信息及时通报制度、案件协作和联合查缉制度以及联络员制度等系列规范的操作制度，为深港两地双方海关在联合缉毒行动的开展打下了坚实基础。
2003年以来，在广东分署缉私局的统一部署和指挥下，深圳海关联合香港海关先后开展了“海啸行动”、打击“2.21”水客走私、“4.9排洪渠道走私”、“5.27”空中飞线走私、“12.19”利用排洪管道走私、“天剑”、“天斧”、“天弩”行动、打击海上走私专项行动等联合行动20余次，查获了多宗走私大要案，有力维护了深港间正常贸易秩序和边境安全。其中，深港海关联合破获的“6.20”、“6.26”白银系列走私案，案值16.39亿元，涉税2.48亿元，逮捕15名嫌疑人，在境内外引起强烈反响；“1.11特大毒品走私案”破获了以哥伦比亚籍毒贩为主，涉及哥伦比亚、泰国、中国香港等7个国家和地区的特大跨国走私贩毒集团案件，缴获毒品可卡因142.47公斤，抓获犯罪嫌疑人9名，捣毁藏毒窝点2个，摧毁毒品加工场1个，缴获毒资人民币17万元、港币3万元；2010年7月，深圳海关在香港海关、香港警务处的协作配合下，开展代号为“天弩”的缉毒行动，一举摧毁一个跨境走私贩毒团伙，现场查获毒品氯胺酮4213克、可卡因216克，后经深挖扩线，认定该团伙自2010年4月中旬至案发，共走私氯胺酮、冰毒、可卡因等毒品到香港达330多公斤。
近年来，深港海关积极探索跨区域知识产权保护合作，通过多种形式加强双方的联系配合，在打击“盗版”、提高两地产业的竞争力和发展水平方面取得了显著成效。两地海关定期在罗湖、皇岗、沙头角、深圳湾等口岸，根据各个时期特点，分别将旅客、快递和跨境货车运输等作为重点，开展保护知识产权联合执法行动。
据统计，2011年深圳海关与香港海关共开展了3次粤港海关知识产权联合执法行动，共同打击跨境侵权行为，查获侵权案件20余宗，涉案货物逾万件，涉及苹果标志、BLACKBERRY、TIFFANY、ADIDAS、LV等多个品牌。此外，深圳海关每年都选派相关人员赴港，学习借鉴香港海关在知识产权领域的先进做法和经验，进一步提高知识产权保护工作的执法能力与水平。
