在公司清算过程中，法院的职权主要包括：决定清算费用，指定清算组，诉讼保全，解决清算中清算组与股东、债权人之间以及清算组的内部争议，检查清算进展和现状，确认清算方案和清算报告，对不履行清算义务的清算组追究责任，终结清算程序等。
在强制清算中，法院可予特别的监督和检查。法院可以选派中介机构作为检查人，对公司清算中可能存在的损害事项进行调查，包括对公司财产状况和评估情况、公司负责人及清算组是否违反清算义务不当清算或违法清算等方面的调查，并将调查结果书面报告法院，由法院决定是否追究相关人员责任及有无保全处分的必要。发现公司存在资不抵债的情况，应当督促清算组依法向法院申请宣告破产，并及时受理破产申请。法院还应对清算过程中的资产清理、变现行为进行监督，要求清算组及时报告，发现违法行为及时制止和纠正。对于清算费用的支出，法院应予检查，并根据实际情况适时调整。
如何确认，在实践中存在争议。有的法院认为，法院对于清算方案与清算报告的确认实行形式审查，仅审查清算组制作清算方案和清算报告是否依照会计准则和相关法律、法规规定执行，是否存在不当或非法行为，清算方案和清算报告是否规范、要素是否具备、相关资料是否齐全等，在认定行为、手续及资料符合要求时，既可对清算方案与清算报告予以确认。有的法院认为，法院应当进行实质审查，对公司的资产及负债全面重新清查核实，保证清算方案和清算报告的真实性，以有效维护股东和债权人的合法利益，在司法力量不足以胜任时，可以另行选任中介机构作为检查人进行审查。根据目前的实际情况，在由股东组成的清算组并且当事人有重大争议的情形下，法院可选任检查人进行实质审查，在法院选任中介机构组成清算组的情形下，则可采取形式审查的方式，但发现问题或一点而清算组又不能作出合理解释时，法院仍然可以决定进行实质审查。
