破产债权确认纠纷是由异议人对管理人编制的债权表有异议而产生，因此诉讼的原告是异议人无疑。异议的情况可以分为债权人对债权表中记载的自身的债权有异议;债权人对债权表中记载的他人的债权有异议;以及债务人对债权表记载的债权有异议三种。债权人提出异议的，自己作为原告起诉没有什么问题。
应当说明的是，实践中绝大多数是债权人对债权表中记载的自身债权有异议，债权人对他人的债权提出异议的情况非常罕见。原因在于，一方面债权人互相之间一般是陌生的，债权申报材料又仅掌握在管理人手中，一个债权人很难对其他的债权人的债权是否真实做判断;另一方面债权人对其他债权人的债权提出异议，即便最终获得胜诉的结果，提起诉讼的债权人获得的利益也微乎其微，起诉过程中要先垫付案件受理费，还要支出律师费，得罪了被告债权人，还让其他未起诉的债权人搭了便车，一般债权人是不会做这种受累不讨好的事情的。所以，对债权的登记与审查阶段，如何加强对管理人的监督，是一个很现实的问题，现阶段主要靠法院选任业务水平高、认真负责的管理人，然后靠管理人的自觉。
债务人如果对债权表记载的债权有异议，理论上就应当由债务人作为原告。但债务人是法人，意思表示只能通过自然人作出，其破产后，代表债务人作出意思表示的是其破产管理人。那么破产管理人是否会代表债务人对管理人自己做出的债权表提出异议呢?逻辑上显然不可能。那么此时谁又对此有利害关系，愿意并且有权代表债务人提出异议呢?有观点认为，债务人的股东可以，并且法律适用上可以类推股东代表诉讼。其实，这只是很理论化的观点。实践中债务人资不抵债，清偿全部债权都不可能，所有者权益肯定是零，此时股东又怎么会关心哪个债权人多分点，哪个债权人少分点呢?股东去起诉，案件受理费谁预交，聘用律师的律师费谁负担这都是问题。如果股东同时是债权人，他们掌握债务人的负债情况，也有一定的利害关系，可能愿意对其他债权人的债权提出异议，但此时就是股东债权人对其他债权人的债权提出异议，不属于债务人自身提出异议。因此可以说，债务人有权对债权表的记载提出异议这一个法律规定，在实践中如何操作，有待于实践进一步给出答案。
债权人对自己的债权数额有异议提起破产债权确认纠纷的，被告应当列债务人，不列管理人，管理人的负责人作为债务人的诉讼代表人参加诉讼，管理人团队中的律师可以作为债务人的诉讼代理人。
债权人对他人的债权数额有异议提出诉讼的，债务人依旧是被告，有疑问的是被异议的债权人的诉讼地位怎么确定。有两种可选择的方案，即被异议的债权人作为被告或列为第三人。笔者认为，被异议的债权人作为第三人比较恰当。因为债权确认之诉，是债权人对债权表有异议而产生，债权人针对的是管理人为债务人制作的债权表，诉讼程序上也应当是由有异议的债权人先举出初步的证据，证明被异议的债权存疑，然后由管理人代表债务人负主要举证责任，证明被异议的债权是准确的。诉讼对抗主要发生在提出异议的债权人与管理人所代表的债务人之间，而被异议的债权人只是对诉讼结果有利害关系，并不是举证证明债权正确的义务主体，所以不列为被告为宜。但被异议的债权人与诉讼结果毕竟有利害关系，应当允许他以第三人的身份参加到诉讼中来，对债权准确性问题提出一些补充性的意见，辅助管理人获得胜诉结果。
