2.全面了解机体的正常菌群：了解人体的正常菌群是细菌检验的必要前提，要了解正常菌群的概念、分布和种类，条件致病菌与内源性感染、菌群失调症与二重感染的概念，既不要将所有标本分离出来的细菌都当成致病菌，也不能将正常寄居菌所导致的内源性感染轻易放过。
3.三定一结合：分离鉴定时要做定性、定量和定位分析，并结合病情。要求根据临床和标本的具体情况确定检验程序，选择培养基及合适的鉴定试验。要判定分离细菌是致病菌、条件致病菌、还是非致病菌（定性），同时要有一个细菌数量的大致估计，必要时进行半定量和定量培养。在人体有菌部位分离的细菌，其意义大小要参考微生物的定性和定量分析作出判断；如在无菌部位（如血液、脑脊液）分离出细菌，无论是何种微生物和数量多少，均具有重要意义（定位分析）。在进行“三定”分析时，一定要结合病情，观察是否与病情相符。
5.及时报告：要使实验室数据有效地转化为临床有用的信息，病原微生物诊断报告应实行三段报告制度，即在涂片或培养阳性结果出现时、敏感试验结果出来时以及最终结果出来后都要及时报告。
6.加强质量控制，增加检验项目：临床微生物室必须加强质量控制，保证各种标本的检验质量，为临床提供可靠依据，并满足临床需要的各种检验项目。当前临床微生物室应根据本单位的实际情况增加检验项目，临床要求关注的一些项目有：1）呼吸道标本的细菌学筛选和半定量培养方法；2）呼吸道非典型病原体的检测，包括衣原体、支原体和军团菌；3）非结核分枝杆菌的培养与药敏；4）免疫抑制或器官移植患者特殊病原体的检测，如巨细胞病毒，卡氏肺孢子菌等；5）抗生素相关腹泻的病原体（主要是艰难梭菌）的检测；6）侵袭性真菌的快速检测和药敏试验等。
