合伙协议内容丰富，需要注意的法律问题也很多，协议制定的不够周祥，必然为合伙企业将来的运作留下法律风险。
合伙出资形式多样，可以以货币、实物、土地使用权、知识产权、其他财产权利及劳务出资，各种出资形式所产生的财产权利并不相同，合伙协议应当就不同的出资有不同的约定。
首先，合伙财产归属的约定，通常提到合伙财产时，多数人都简单地认为属于合伙人共有，而实际的情况则复杂得多。对于以现金或财产的所有权出资的财产应认定为共有财产;对于合伙人以房屋使用权、土地使用权出资的，在合伙经营期间，由全体合伙人共同享有使用权，但合伙人不享有所有权;对于合伙人以劳务、技能等非财产权出资的，劳务、技能虽然可以进行价值评估，但因其具有行为性的特征，不能成为合伙企业的财产。当合伙人以商标、专利等无形资产出资的，既可能以所有权出资，也可能以使用权出资，这就需要合伙人在协议中进一步明确约定。约定不明就存在发生争议的法律风险。
其次，需要办理登记的财产，在合伙协议中应当明确约定办理登记手续的义务承担者，办理时间以及办理费用的承担等。包括所有权和他物权登记。一些权利设定虽然不需要进行审批，但需要将相关的合同到有关部门备案，如商标许可使用、专利许可使用等。合伙人以这些财产出资，就需要约定另行签订其他合同的时间、条件等，以及合同备案事项的相关问题。对这些事项约定的缺失或不足，都将增加企业法律风险。
再次，针对财产瑕疵约定相应的处理方式，有助于减少不确定的法律风险。如物品出资若存在严重瑕疵的补充出资责任等。当然一些法律禁止转让的财产作为出资时，法律风险影响更为深远。
合伙企业具有较强的人合性，合伙人之间相互存在信任，加之合伙出资形式多样，有时很难确定各合伙人出资对应的价值和比例，正因为这些特征，法律并没有直接规定合伙事务决策方式。合伙人之间由于具有较好的交情，在发展初期常常通过协商确定共同的发展目标，但随着企业的壮大、经营活动的增多，要继续保持所有事务形成全体一致的意见只能阻碍企业发展。合伙协议中若缺少对合伙事务决策的安排，则随着企业发展，该法律风险必然对企业造成损害。
常见的约定方式有：
①各合伙人不论出资多少，均按每人一票方式决定事务。
无论采用何种方法，只要合伙人按照自己的意见事先约定明确，就能够有效避免出现分歧时无法决策的情况。
根据法律规定，合伙人对合伙企业债务承担连带责任，但这仅仅解决合伙人对外承担责任的问题，而对于合伙人内部责任的划分，法律原则性的规定并不一定适用于所有合伙企业。当合伙人内部责任划分不明时，容易引发合伙人之间的矛盾，从而结合伙企业发展造成损害。
合伙内部责任划分保障合伙人对外承担责任超过自己应承担部分时，向其他合伙人进行追偿的权利。所有的合伙协议都应当对普通的责任划分进行约定。一些特殊的合伙企业，由于各合伙人有分工，对于特定领域或者个别合伙人的过错造成的责任，就应当有更为详尽的划分。
合伙企业法规定，经全体合伙人协商一致，合伙人也可以用劳务出资。对于什么样的人可以劳务出资，以及如何量化以劳务出资的合伙人的特殊技能等问题，因涉及每一个合伙人的切身利益，法律没有作出具体规定，而交由全体合伙人自行协商确定。因此当约定不明或约定不当时，劳务出资的法律风险不能获得法律补充性弥补。
劳务的价值很难进行准确衡量，更多依赖合伙人之间形成统一的意见。当合伙人只是同意以劳务出资，但并未明确其价值时，不确定的法律风险会因为这种不规范行为产生。在评估时，还需要看待合伙企业是否存在实际的利润分配比例或损失承担等作为劳务出资价值的补充确定。
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