(一)政策法规不完善，管理容易缺位。一些纳税人到税务机关办理注销后，并未到工商部门办理注销，并且继续持照经营，导致税务机关管理工作的缺位和税款的流失。此外，在实际工作中,不少的纳税人在终止经营行为时既不办理工商登记注销手续，也不办理税务登记注销手续，造成税务机关无法查找，相关处罚措施也无法实施。 甚至于有的纳税人并未向税务机关注销,却已经通过非法途径在工商或者其他机关办理了注销。
(二)注销登记的管理中存有疏漏，规范性还不强。一方面是部分税务干部因责任心不强、碍于人情世故、贪小便宜等原因，存在审核不严、把关不紧等问题。另一方面是部分税务干部专业知识薄弱，缺乏一定的税收专业知识和相关财务、法律知识，综合素质不高，在注销检查过程中很难发现一些深层次的问题，例如涉及关联企业的问题。此外,注销税务登记的审核浮于表面,基本上还是管理员独自负责注销清算，分局、县局审核的一般只是手续是否齐全、程序上是否符合规范，没有进行深入审查。
(三)部门间相关信息不能实时交换，信息缺乏交流。在目前网络信息系统还不健全的情况下，税务、工商、技术监督、民政等相关行政管理部门的管理信息不同步，新办、变更登记及注销户数信息脱节，容易有“漏网之鱼”，影响到税务机关的日常管理。
(四)信息不对称给注销登记带来了难题。因为征管信息的不对称，导致税务分局对稽查在查户办理了注销手续，待稽查局检查完毕后，却陷入无从下达检查结论的尴尬境地。另外，共管户在注销时，国、地税未能进行信息交流，可能一方查补了税款,而另外一方没有做相应调整。
(一)继续完善新《征管法》及其《实施细则》，填补政策上的空缺，切实做到“有法可依”。对于既不办理税务注销也不办理工商注销就一走了之的纳税人，应当对其法人代表或者负责人明确一定的法律或经济责任。对不经税务注销却在工商办了注销的相关当事人给予处罚。工商行政管理机关和其他机关应协助税务部门，在程序上要求纳税人必须持税务部门的“注销税务登记通知书”才可办注销。
(二)树立“质量管理”理念，强化税收管理员素质。税务登记注销必须把握好三个环节，即受理、审核、审批环节，做到严格把关，规范操作。税务部门要通过组织学习、案例交流等多种形式，引导和鼓励税务人员自觉学习，适应税收管理的需要，全面提升税干的执法水平。此外，还要严格责任追究，加大监督考核和责任追究力度，进一步提高税务干部的综合素质，做到准确运用法律法规，确保注销登记的规范操作。
(三)建立健全新的配套制度，明确其业务流程和操作规程。明确与工商、技术监督、民政、银行等信息传递制度，做好工商与税务登记软件的联网，构建开业、变更及注销登记信息交换平台。同时,税务分局之间、税务分局与税务稽查局之间的注销登记信息要建立实时传递制度,并且完善现有征管软件的功能,特别是在信息系统中可以设限制条件,对稽查在查户在结案前不可以办理注销税务登记。
(四)加强日常监控，减轻注销登记时的工作量和工作难度，增强服务意识，加强各个环节的协调和衔接，简化程序，以方便企业办理正常的注销手续。在注销登记的审核上，不仅要注重其程序上的合法性，更要采取抽查和组织人员对疑点纳税人进行延伸清算的方式，确保审核的质量。
(五)共管户在注销时，可以由国、地税联合检查注销。国、地税同时介入，一
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