此次改革后，80%的农资综合补贴存量资金，加上种粮农民直接补贴和农作物良种补贴资金，将用于耕地地力保护。两部门明确，这部分资金的补贴对象原则上为拥有耕地承包权的种地农民；对已作为畜牧养殖场使用的耕地、林地、成片粮田转为设施农业用地、非农业征(占)用耕地等已改变用途的耕地，以及长年抛荒地、占补平衡中“补”的面积和质量达不到耕种条件的耕地等不再给予补贴。
两部门鼓励各地创新方式方法，以绿色生态为导向，提高农作物秸秆综合利用水平，引导农民综合采取秸秆还田、深松整地、减少化肥农药用量、施用有机肥等措施，切实加强农业生态资源保护，自觉提升耕地地力。
改革后，20%的农资综合补贴存量资金，加上种粮大户补贴试点资金和农业“三项补贴”增量资金，统筹用于支持粮食适度规模经营。两部门明确，这部分补贴资金原则上以2016年的规模为基数，每年从农业支持保护补贴资金中予以安排，支持对象重点向种粮大户、家庭农场、农民合作社和农业社会化服务组织等新型经营主体倾斜，体现“谁多种粮食，就优先支持谁”。
两部门鼓励各地创新新型经营主体支持方式，采取贷款贴息、重大技术推广与服务补助等方式支持新型经营主体发展多种形式的粮食适度规模经营。
两部门要求，各地抓紧制定实施方案，务必于6月30日前将需兑现到农民手中的补贴资金发放到位，让农民群众吃上“定心丸”。
