黄芩为多年生草本,株高20-50cm,主根呈圆锥状,长约10-30cm,直径约1-2cm,外皮呈黄褐色,内部黄色。茎丛生,基部伏地,稍上升或直立,分枝多而细,株方形,绿色或紫绿色。单叶对生;叶片披针形,先端渐尖或急尖,基部圆形,全缘。
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