一是支持健全全民医保体系。2016年各级财政对新农合和城镇居民医保的补助标准从2015年的每人每年380元提高到420元，新增筹资主要用于提高基本医疗保障水平，并加大对城乡居民大病保险的支持力度。中央财政进一步加大了补助力度，对西部地区、中部地区分别按照300元、240元的标准给予补助，中央财政的分担比例分别提高到71%、57%，对东部地区的补助比例也相应提高。此外，加大力度支持扩大对贫困人群的医疗救助范围，提高救助水平，积极开展疾病应急救助工作。
二是支持促进基本公共卫生服务均等化。2016年，人均基本公共卫生服务经费标准从2015年的每人每年40元提高到45元，支持进一步优化现有服务项目，提高服务质量和效率。支持艾滋病、结核病、血吸虫病等重大传染病防治，支持实施国家免疫规划、卫生人员培养培训、妇幼健康服务、食品安全保障等重大公共卫生服务项目。
三是支持公立医院改革。2016年，县级公立医院改革全面深化，城市公立医院改革扩大到200个城市，中央财政对县级公立医院改革每县每年补助300万元，对试点城市每个城市一次性补助2000万元，对试点城市的市辖区每区每年补助100万元。此外，中央财政安排补助资金支持住院医师规范化培训，按照每人每年3万元的标准支持19万名学员参加住院医师规范培训，即“5+3”。另外，今年还支持启动“3+2”，就是助理全科医生培训，按照每人每年2万元的标准，支持首批5000名专科毕业生参加助理全科医生培训。
四是支持健全基层医疗卫生服务体系。支持基层医疗卫生机构基本建设和设备购置等硬件建设。支持实施“农村订单定向免费培养医学生”、“万名医师支援农村”等各类基层卫生人员培训项目，加强基层卫生人才队伍建设。此外，还支持基层医疗卫生事业单位和专业公共卫生机构实施绩效工资。
五是支持实施国家基本药物制度。中央财政继续安排补助资金支持基层医疗卫生机构实施基本药物制度，同时建立健全基层医疗卫生机构稳定长效的多渠道补偿机制，全面落实“核定任务、核定收支、绩效考核补助”的财务管理办法。另外，预算执行过程中还要求地方各级财政部门按照年初预算及时足额拨付各项补助资金，加快预算执行进度，加强对补助资金的监管，力争使财政花的每一分钱都花出效益。
