(一)统一规划，分级负责。卫生部会同有关部门提出全国新农合信息系统建设的有关原则和指导意见，负责新农合国家级信息平台和数据库的建设和运行，协调、指导省级信息系统建设和运行。各省级卫生行政部门要按照本意见的统一要求分别负责本辖区内新农合信息系统建设方案的制定和组织实施，负责省级信息平台和数据库的建设和运行，对县(市)级新农合信息系统建设和运行进行监督与技术指导。
(二)整合资源，技术适宜。在新农合信息系统建设中，要充分利用已有的计算机网络资源和信息资源，避免重复建设和资源浪费。由于目前各地新农合的组织机构设置、制度设计和实施模式尚不统一，因此，要在系统建设实施前和实施中对业务流程不断调整和完善，用科学的业务流程优化信息系统建设，利用高效的信息系统使业务流程更加规范。各地要在遵循卫生部《新型农村合作医疗信息系统基本规范(试行)》(卫办农卫发〔2005〕108号，以下简称《规范》)前提下，充分考虑未来发展需要并结合本地实际，合理选择适宜的技术方案、投资规模和阶段性目标，并探索与当地综合卫生管理信息系统的资源共享与信息交流，使相关信息得到充分有效地利用。
(三)统一标准，分步实施。原则上要按照《规范》要求，逐步以省为单位统一合作医疗管理软件。暂不具备条件的地区，必须按照《规范》的要求，统一软件标准和数据接口标准。各省级卫生行政部门要加强与财政等相关部门的沟通，根据本指导意见及《财政部、卫生部关于补助公共卫生专项资金的通知》(财社〔2006〕126号，以下简称《通知》)要求，按照各地新农合信息系统建设规划和实施方案及财力等，组织招标采购，有重点、分步骤地逐年实施完成整个信息系统建设。在信息系统招标采购过程中，要切实选择具有经济实力、技术能力、行业经验和良好服务的合作单位共同进行新农合信息系统的建设和维护。
(四)规范管理，确保安全。国家级和省级新农合信息系统平台和数据库要建立在同级卫生行政部门。如省级以下设立新农合信息平台，可以建立在同级卫生行政部门，也可委托设在经信息产业行政部门认定具有IDE(Internet Data Center，即互联网数据中心)资格的IT(Information Technology，即信息技术)企业，接受委托的企业负责新农合信息系统的运行和日常维护。无论经办机构(含社保部门和保险公司)采取何种模式介入，其与新农合有关的业务信息都必须纳入各省级新农合信息系统中心数据库并接受上级卫生行政部门的业务管理与指导。未经省级及以上卫生行政部门批准，任何部门和单位不得转移、公布和使用新农合相关信息，更不能用于商业目的。要建立新农合信息系统管理制度，确保信息系统长期、持续和稳定运行。要严格遵守我国知识产权相关法律，购买和使用正版软件。严格按照国家有关信息安全的规定和标准建设、管理新农合信息系统，使之具有安全保护和保密措施以及应对计算机犯罪和计算机病毒的防范能力，确保系统和数据安全。
