患者与医疗机构发生医疗纠纷，目前有三种解决的方式，即：协商解决、行政调解和司法诉讼。
1、协商解决。这种解决纠纷的方式程序简单，处理起来速度快，而且一旦达成协议，医疗机构的赔偿也会非常迅速。但医疗机构一般不会认为自己的医疗行为有问题，即使有问题，也会千方百计推脱自己的责任，患者往往不能更好地维护自己的权益。如果患者决定采取这种方式解决纠纷，患者在签字前一定要对相关的问题考虑清楚，对于索赔的范围和数额计算清楚，以防合法的索赔权益因为不懂而得不到保障，最好能够咨询一下这方面的专业人士。因在司法实践中，就人身损害当事人自愿达成和解协议，一方反悔向人民法院起诉的，法院尽管会保护其诉权，但如果不能证明在订立协议时具有无效或者可撤销情形的，法院通常会认定协议有效而驳回患者的诉讼请求。
2、行政调解。协商解决尽管简便快捷，但很难达成一致意见，而司法诉讼，一是时间太长，二是诉讼成本要高一些，但是行政调解，一来可以在双方认可的基础上达成一致意见，二来可以节省时间和诉讼成本，所以有的时候，发生医疗纠纷，选择行政调解要好一些。因卫生行政部门并无权直接判定是否构成医疗事故，因此，把医疗争议提交卫生行政部门以后，他同样要提交医疗鉴定委员会鉴定后才能认定，且一旦不构成医疗事故，医疗机构就不需承担赔偿责任。因此，行政调解仍有它的局限性。
3、司法诉讼。到人民法院提起医疗赔偿纠纷诉讼，最大的好处是不以医疗事故鉴定为前提，且实行举证责任倒置。患者只需提供在医疗机构就诊的证明及身体受到损害的证明即可，对于医疗机构是否存在过错，以及医疗行为与患者的损害结果是否存在因果关系的举证责任由医疗机构承担，只要医疗机构不能证明自己不存在过错，自己的医疗行为与患者的损害结果不存在因果关系，医疗机构就应承担赔偿责任。
