因为现在我国的医疗机构大多数还是国家办的公益性事业单位，跟卫生行政机构存在着上下级的隶属关系，所以，有很多医疗纠纷的患者一方认为卫生行政机构就是医院的“娘家”，认为让他们主持医疗事故的处理会一家人向着一家人，而忽视医疗纠纷中卫生行政部门的作用，其实这是不正确的。虽然卫生行政机构跟医疗机构是上下级的隶属关系，但是《医疗事故处理条例》出台后，把卫生行政机构的作用定位于居中的调解和对构成医疗事故的医疗机构及其医务人员的行政处理上。
根据《医疗事故处理条例》第三十六条规定：“卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，除责令医疗机构及时采取必要的医疗救治措施，防止损害后果扩大外，应当组织调查，判定是否属于医疗事故；对不能判定是否属于医疗事故的，应当依照本条例的有关规定交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。” 第三十七条规定： “发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。”第三十八条规定：“ 发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。
有下列情形之一的，县级人民政府卫生行政部门应当自接到医疗机构的报告或者当事人提出医疗事故争议处理申请之日起7日内移送上一级人民政府卫生行政部门处理：
3、国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。”
由以上的三条可以看到，行政调解是医疗纠纷解除的一个得要途径。因为有的时候双方协商，达不成一致意见，而进行司法诉讼，一是时间太长，二是诉讼成本要高一些，而行政调解，一来可以在双方认可的基础上达成一致意见，二来可以节省时间和诉讼成本，所以有的时候，发生医疗纠纷，选择行政调解要好一些。
当把医疗争议提交卫生行政部门以后，卫生行政部门并无权直接判定是否构成医疗事故，他要进行调查，只有对事实清楚，因果关系明确的重大医疗过失行为，卫生部门才能认这为医疗事故，而对于那些复杂的，双方争议较大的医疗纠纷，卫生行政部门必须要提交医疗鉴定委员会鉴定后才能认定。
卫生行政机构在进行行政调解的时候，要本着当事人自愿和合法的原则下进行调解。当事人在采取这种手段维权的时候，要注意的问题一是跟双方协商要注意的问题一样，需要专业人士的指导，第二是要防止有的卫生行政机构怠于行使自己的职责，耽误了进行医疗纠纷处理当事人的时间，损害了当事人的权益；或者是有的卫生行政机构超越了自己的职能，越俎代疱，以行政强制命令双方接受他的调解意见。这两个极端，不管发生了哪一种，当事人都要及时结束行政调解，采取司法诉讼的手段解决。
