1.从医疗事故鉴定的主体看，很难保证同行之间的鉴定的公正性。
医疗事故的行为人必须是经过卫生行政部门考核核准或承认，取得相应资格的各级各类卫生技术人员。而医疗事故鉴定委员会的成员，往往是有临床经验、有技术、有权威的各大医院的主治医生，有可能是被鉴定的医院的医务工作者，所以这种鉴定是同行之间的鉴定，虽然患者有申请回避的权利，但对于医疗单位内部的人员又担任鉴定委员会委员的当事人是否享有此项权利未予规定。而且在民事案件中，鉴定委员与委员会并不能以鉴定人的身份出庭质证，造成证据的来源不明。
2.医疗事故鉴定对象的限定性，限制了患方权利的行使。
医疗事故必须发生在诊疗护理过程中，非就诊护理过程中发生的其他伤害，按照其他医疗纠纷处理，而不予鉴定。假如在医院住院期间发生的由医院指派的护工造成的侵权伤害可否按医疗纠纷案件处理?如果把医疗事故鉴定结论作为案件审理的唯一证据，那么有很多医疗纠纷案件将只能按照一般赔偿案件处理，这对当事人来说显失公平。
3.医疗事故鉴定判断标准缺少客观依据，导致受害方权益得不到全面保护。
医疗事故要求行为人必须有诊疗护理工作中的过失，这种过失可能是违反规章制度或诊疗护理工作中的过失，也可能是诊疗护理过程中的失职行为，还有可能是业务能力低下而致的技术过失。对于在工作中有可能产生的偶合性不良后果有影响的情况，不认定为医疗事故。这种情况下，在医院诊疗期间患者发生的较为严重的并发症的情况，如果是因为医院诊断过程中未考虑到个体差异的情况，即使存在失误，也可以认定为非医疗事故，或者由于法定操作规程的不完善，或医院的不作为行为造成的患者的严重侵害，也可以不认定为医疗事故。事实上，这样的判断标准不是客观的判断标准，患者的权益得不到全面保护。如(案例3)刘茂华经安定医院诊断，患有偏执性精神病，安定医院给予刘茂华药物治疗，1999年8月30日，刘茂华住该院期间，安定医院按照该院的操作规程，给予刘茂华电痉挛治疗，术后刘茂华下肢站立困难，经诊断为股骨骨折，刘茂华法定代理人向法院主张安定医院违约，安定医院未履行告知义务，对刘茂华实施电痉挛治疗，导致刘茂华致伤，要求安定医院承担违约责任。医疗事故鉴定委员会对刘茂华在安定医院治疗期间的股骨骨折是否构成医疗事故进行鉴定，结论为：安定医院治疗过程符合该院操作规程，不存在失职行为;骨折是电痉挛难以防范的并发症，认定不属于医疗事故。本案中，刘茂华的骨折与安定医院的治疗行为之间存在直接因果关系，安定医院是刘茂华致伤的侵权人，医疗事故鉴定结论认定了刘茂华致伤是产生了并发症，那就要看安定医院的治疗方法是否得到了刘茂华法定代理人的同意，同时在这一契约行为中，还要看医院是否将其应当履行的义务尽数履行。此案中安定医院未将可能产生并发症的可能性告知刘茂华，而安定医院的这一过失与刘茂华受伤之间有直接的因果关系，法院对此案判决安定医院承担过失责任，并按其责任赔偿刘茂华治疗股骨骨折的损失。
4.医疗事故鉴定结论依据的非科学性，剥夺了一部分受害人的权利。
医疗事故鉴定结论的依据之一是必须达到一定程度的严重损害后果，这一规定本身不具有科学性，也不符合民法保护公民人身权的精神，即公民权利无论大小，均应受到保护。在案例1中，曹静玉腹内埋藏塑料软管是事实，但绝对构不成医疗事故等级，而一个人在二十年间所受的腹痛与精神痛苦，任何人都可想而知，所以此案若仅依据鉴定结论而认定无侵权行为与侵权后果明显不当。
5.医疗事故鉴定有关时效的规定，导致受害人无法就医疗纠纷案件行使诉权。
在我市〈办法〉实施细则中规定了医疗事故或事件发生的时间为超过2年申请鉴定的不予处理。这就导致了一些在诊疗以后发现存在医疗过失或后遗症或发生医疗损害结果时，无法申请医疗事故鉴定及进行医疗卫生行政处理的情况发生。
6.医疗事故鉴定在鉴定程序上存在的缺陷，使当事人双方在原始证据的取得上产生了地位的不平等。
医疗事故鉴定程序规定，鉴定委员会发现鉴定资料不完全、不真实，有权拒绝鉴定。这种情况下，如果一方当事人故意提供不完全的鉴定材料或者是破坏、隐匿医疗鉴定的相关材料，必然导致相对方承担无法鉴定的败诉后果，因为作为自然人个人不可能具有相应的法学专业知识，同时又不可能在医疗纠份产生之前对证据来源做任何的准备，医患双方在证据的取得上处于不平等的地位。
7.鉴定结论作为证据使用时应为书证，在证据认定上不应具有决定性作用。
医疗事故鉴定委员会的鉴定应当属于诉讼法中书证的一种，不同于证据中的鉴定结论。在民事审判实践中，医疗事故鉴定委员会的鉴定只能作为过错侵权行为的认定依据之一，鉴定委员会的鉴定人并不以个人的名义参加庭审质证，而鉴定单位作为其他组织，也不会参加庭审，那么这份证据的来源与证明力均相应减低。法院在审查判断证据时，最终的鉴定结沦必须经过查证属实才能作为认定事实的依据。
8.有关医疗事故的法定标准等规定出现立法置后现象，现有的医疗事故鉴定的法定标准存在缺陷。
依据卫生部颁布的相关规定，诊疗行为出现的严重后果必须与医疗过失行为有直接的因果关系，排除偶合关系。即采取全或无的判断方式，不进行因果关系的全面判断，在原因方面将事故划分为技术事故与责任事故，而对于技术事故中的责任问题、责任中的技术问题均未规定相应的划分标准。同时，医疗事故鉴定的法定标准存在缺陷。我国国务院制定的《医疗事故处理办法》从医疗行政管理的角度出发，仅规定了医疗事故(包括责任事故、技术事故)应承担的法律责任，甚至医疗差错都不承担责任。此规定往往成为非医疗事故案件中的医疗机构的庇护伞。
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