1、鉴定结论的公认度不高。现行司法鉴定体制下，各鉴定机构之间没有隶属关系，鉴定机构之间是平等的，在鉴定职能上也没有明确的区分，所作出的鉴定结论的证据资格和证明力也是平等的，没有效力等级的区别，经常导致不同鉴定机构对同一客观事实得出的鉴定结论大相径庭，对这些鉴定结论的如何取信，法律没有明确规定，当事人对鉴定结论有疑议时，也缺乏复议机构。
2、收费标准不统一差异大。目前，各鉴定机构的收费标准不统一，差异较大，且有收费增加的趋势，影响了当事人和法院对鉴定机构的选择和确定，进而影响了诉讼效率；由于收费问题，导致不少当事人对法院选出或指定的鉴定机构缺乏信任，法院依据鉴定结论作出的最终裁判结果难以得到当事人的的公信力。
3、专业的鉴定人员相对缺乏。在工作实践中，对鉴定人员没有统一的考试、考核制度，具有执业资格的鉴定人员较少；加之没有有效的管理和监督机制，客观上造成鉴定人员的素质良莠不齐，引发鉴定市场的不正当竞争，鉴定报告质量不高，让当事人质疑鉴定结论的客观性和公正性；部分鉴定机构因案件多、技术力量不够等原因延长鉴定的时间，导致送鉴的案件久鉴不决，既拖延了诉讼时间，增大了诉讼成本，也损害了当事人的合法权益。
4、当事人不配合现象突出。主要表现为：评估拍卖期限内被执行人或承租人搭建违章建筑，或者原先没有租赁关系的在此期间产生了租赁协议，给法院评估拍卖工作制造了障碍；医疗事故的鉴定中，院方不能提供全部证据配合法院工作，部分证据未经过双方当事人质证，证据不齐全导致送鉴材料不符合医学会鉴定要求，鉴定期限延长。
1、规范收费标准。物价部门和司法行政机关应对司法鉴定机构的收费予以明确规范，将收费标准对外公示或上墙公示，可以采取定期和不定期抽查等方式加强监管，严厉查处乱收费行为；进一步建立健全司法鉴定费用缓交、减交、免交制度，对于经济确有困难的申请人提供救助；
2、提升业务能力。对新申请设立的鉴定机构，司法行政主管部门要严格审查，除了硬件设施外，从业人员的政治素质和业务素质应作为审查的重点；各鉴定机构应采取积极措施加大对鉴定人员的业务培训和教育培训力度，不断提高鉴定人院地专业技能水平和职业道德水准，
3、加强专业监管。相关职能部门应健全完善相应的管理制度，实行“工作差错问责制”等，进一步规范司法鉴定人员的行为；对服务态度恶劣，鉴定质量低下，甚至出具严重错误鉴定结论的鉴定机构，向有关部门举报；向司法行政主管部门提出司法建议，要求整改，对有关人员进行惩处。
4、实行鉴定公开。在鉴定过程中，对所依据的证据材料、现场勘验，检查资料、法规标准及其有关鉴定过程、鉴定结论，可以对当事人、代理人、第三人、辩护人实行公开，并接受诉讼参与人对与鉴定有关问题的咨询、质证，探索推行“鉴定人出庭制”等新机制增进司法透明度。
