“医疗事故鉴定委员会的处理只是自己的家法，因为这个标准是卫生部的标准，老百姓没有参与，显然有违司法公正。”设在上海的司法部司法鉴定中心的主检法医师程亦斌说。这里的差异是，医疗事故鉴定委员会只鉴定是否医疗事故，然后对医院处以降级或罚款等系统内的处理；对患方只是补偿，最多1万元。而法院可以通过司法鉴定，确定院方责任；并给患方赔偿，没有上限。北京市法庭科学技术鉴定研究所主任常林认为：“最终的趋势就是，鉴不鉴定事故无所谓，那是卫生系统自己的事(行政处理)，与患者的民事诉讼没啥关系。”司法鉴定逐渐变成一个时髦的词，由此也打开了医患纠纷中被医疗事故技术鉴定委员会一直牢牢盖住的鉴定黑箱。
位于上海的司法部司法鉴定中心的主检法医师们，在医界有个戏称叫“医院杀手”。据程亦斌介绍，该中心迄今鉴定的300多例医疗纠纷中，大概有80%的案例原来被医疗事故技术鉴定委员会鉴定为不是医疗事故，而到了这里则被鉴定为医院应承担相应责任。
“这比较特殊，因为找到这里的患者基本上事前都掌握了一些充足的材料。”程亦斌说。2001年6月，一起7年前由输血引起的肝炎案开庭。这一案子并不复杂，东北王仁世(化名)老人输血后发现有乙肝、丙肝。经查，当时给老人输血的3个供血者，其中两个是乙肝患者，还有一人是丙肝，并曾被取消献血资格。这些职业卖血人明知有病，将自己的血对折卖给血头，血头又设法将他们的血混入血库。此事一旦曝光，将曝出当地卫生系统的一系列混乱，并可导致输血引发肝炎的众多诉讼。当地卫生系统组织第一次鉴定时，各医院专家都认定，王老汉的肝炎与输血有关。事后，这些专家全部受到当地卫生局的行政处分，并在职称评定中受排挤。第二次，第三次，经卫生部门“精选”的专家重新组成的医疗事故鉴定委员会，再不敢如实作出结论，认为这不是事故，而且与输血无关。由于各种干预，法院7年没有结案。最后，法院请司法部司法鉴定中心的法医出庭，并由此判定当地血站承担80%的责任。
但程亦斌和他的同事们并不认同“医院杀手”这顶帽子。“作为中立的第三方，我们并不会站在患者与院方任何一方。”在他们鉴定的案例中，也有一小部分原来被医疗事故鉴定委员会鉴定为事故，这里却作出了医院没有责任的结论。
事故鉴定委员会只鉴定是不是医疗事故，用的是卫生系统的标准；而司法鉴定是按法医鉴定的办法，它只认：一、有没有不良后果；二、医方有无过错；三、过错与不良后果之间是否有因果关系。于是，同一个案例，医疗事故鉴定委员会认为不是医疗事故的，司法鉴定可能会认定医院负全责。一位妇产科医生一边刮宫一边与护士聊天，将患者后位子宫当作前位子宫，结果刮破两个洞，并引发盆腔炎、盆腔组织粘连，患者不得不开刀。在妇产科教科书中，这些统称为并发症。因此，医疗事故鉴委会定为不是医疗事故。但司法鉴定认为，手术过程中造成不良后果，而这些后果是医生的过错引起的，不应由患方承担，医院应负全责，法院据此判医院赔了3万元。医院第一次有了独立于卫生系统外的专业“检察官”。
同一案子，如果医疗事故鉴定委员会的鉴定和司法鉴定的结论大相径庭，法院会采纳哪一个呢？
北京市法庭科学技术鉴定研究所主任常林认为：理论上这两份东西同是证据，有同等法律效力，采信哪一个，应由法官决定。但医疗事故鉴定往往只有是否事故的结论，所以在民事诉讼中很难成为法官判定责任程度的依据，加上这种鉴定不是自然人证据，因此从实用角度，法院可能会更尊重法院委托的司法鉴定。在实际判案中，也有些法官带有强烈的法官意志，不愿做司法鉴定，使患者在申请司法鉴定时困难重重。
西安交通大学医学院法医学系教授张秦初认为：“法医介入可能对临床医生过于严酷，可能从医疗事故鉴定的极端宽松走向另一个极端，从一个黑箱走向另一个黑箱。”
同样的意见甚至来自法医内部，北京市法庭科学技术鉴定研究所的王旭认为：“法医可以对案例分析数天，而临床医生往往要在几分钟内对复杂情况作出判断。如果完全用法医的标准，会比较机械。临床千变万化，我担心可能会苛求到阻碍临床医学发展的地步。”
常林认为，卫生部应当制定一个临床司法鉴定细则，可让法医与临床医生共同参与制定，用于民事诉讼法的责任判定，而让医疗事故鉴定归到行政处罚中去。他说，应警惕出现医疗事故鉴定委员包办司法鉴定的倾向，如目前有让法医加入医疗事故鉴定委员会的做法。常林说，这并不能对医疗事故鉴定制度有本质的改变。
