医疗事故纠纷中的抗辩事由，是指医疗单位为对抗患方的诉讼请求，使己方免除或减轻民事责任而提出的事实理由。《条例》规定，有下列情形之一的，不属于医疗事故，医疗单位不承担民事责任：（１）在紧急情况下为抢救垂危患者生命而采取紧急医学措施造成不良后果的；（２）在医疗活动中由于患者病情异常或患者体质特殊而发生医疗意外的；（３）在现在医学科学技术条件下，发生无法预料或不能防范的不良后果的；（４）无过错输血感染造成不良后果的；（５）因患方原因延误诊疗导致不良后果的；（６）因不可抗力造成不良后果的。这里要注意的是（２），（３）两种情形，即医疗风险。医疗风险，是在医疗行为过程中可能发生患者人身损害的偶然事件，是指在现有医学科学技术条件下，发生的无法预料或者不能防范的不良后果。这种风险在实践中主要表现为医疗意外及并发症。
医疗意外，是指在医疗活动中，由于患者病情异常或者患者体质特殊而发生了不良后果，以及在现在医学技术条件下，发生无法预料或不能防范的不良后果。医疗意外的发生，并不是医务人员的医务过失所致，而是患者自身体质变化和特殊病种结合在一起突然发生的，且医务人员本身和现代医学科学技术不能预见和避免，故其可作为医疗事故的抗辩事由。
并发症，是指诊疗护理过程中，由于一种疾病合并发生另一种疾病，而后一种疾病是医务人员难以预料和防范的。它有三个基本特征：（１）后一种或几种疾病的发生是由前一种病症所引起的；（２）后一种疾病的出现具有突发性，即前后疾病之间不具有自然规律上的因果关系，只具有偶然的因果关系；（３）后一种疾病的出现并非由于医务人员的过失所导致。《条例》中规定，并发症可以作为医疗事故的抗辩事由。但有两个前提条件：一，必须有充分的医学事实证明某种损害后果确实常常伴随某种手术发生；二，证明在施治过程中确无违法行为。一些可以预见的医疗风险，如激素的副作用等，医方在治疗前己向患者充分说明并征得其同意且治疗过程中，医方无违法行为时，同样可以作为民事责任的抗辩事由。
还有一种情况，即疾病的自然发展。若医院在为患者诊断治疗期间，患者的病情加重，但医院却无法确诊，因而难以对其进行治疗造成损害后果的发生，但该损害后果的发生，并非因医疗行为所致而是疾病的自然发展。此时，若医方可以证明该后果实际上是因疾病的自然发展所致，而非因医疗行为所致则可以此作为抗辩事由。
